| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 3,673,509 | C→T | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400 → / → RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 3,673,509 | 0 | C | T | 77.2% | 958.7 / 237.0 | 459 | intergenic (+108/‑429) | RPPX_16400/RPPX_16405 | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase/beta‑ketoacyl synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/53); new base T (158/195); total (209/250) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 491 total aligned reads displayed.
GCCAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTCGCCGCCGC > CP009974/3673361‑3673659 | ccAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGGCGCTAcc > 1:6299596/1‑151 (MQ=255) tgctgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTcgc < 1:1227599/151‑1 (MQ=255) tgctgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTcgc > 1:2835267/1‑151 (MQ=255) gctgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTcgcg > 2:4371980/1‑151 (MQ=255) ctgcGTTTGATTCAAGGCCCGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCgg < 1:4502000/151‑1 (MQ=255) tgcGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCggg > 1:2799388/1‑151 (MQ=255) gTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTaa < 2:2610615/151‑1 (MQ=255) tttGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTaaa > 1:2597497/1‑151 (MQ=255) 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aCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTc > 1:3299885/1‑151 (MQ=11) aCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACA‑GCCCAC‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCAc > 1:758641/1‑151 (MQ=11) cGTTGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACAGAGGCCGTCGTGTAGGAGCCGGGTGACCCGCGCGAAGGCCGGGCCAGCCGGCGAACTCCCACCTCCCGCTCAc > 2:5111265/1‑151 (MQ=11) gTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCAcc < 1:3205161/151‑1 (MQ=14) gTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCAcc < 2:6522817/151‑1 (MQ=11) ttGCCGGCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGCCTACCCGCGAAGCGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCACCAGCCGTTCAccc > 2:5003499/1‑150 (MQ=17) ttGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGCAGATGGGTTGTGGACACACACCGGAGGTTGGACGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCg > 1:84600/1‑151 (MQ=11) tGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAGGAGGCCGGCCCCGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGCTCACCGt > 1:2246203/1‑151 (MQ=11) tGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCACCGt > 1:3633769/1‑151 (MQ=11) gccggcgctACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTc > 2:5608391/1‑151 (MQ=255) 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cccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGCCGTTCACCGTtgccgcc < 1:2368973/150‑1 (MQ=11) | GCCAGTATCTGCTGCGTTTGATTCAAGGCACGGTTTATTGAGGCAACAACCTCGGTGGGGCGGCGCCGCCATTCCACGGGCGGTTCAACCCGCGAAGGGACCGAGTCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGGGGTTGGACACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTCCCATCAGCCGTTCACCGTCGCCGCCGC > CP009974/3673361‑3673659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |