Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 542,069 | T→C | intergenic (‑330/+199) | argD ← / ← RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 542,069 | 0 | T | C | 95.5% | 214.0 / 0.5 | 89 | intergenic (‑330/+199) | argD/RPPX_02300 | acetylornithine aminotransferase/AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/4); new base C (11/74); total (11/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > CP009974/541922‑542193 | gggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGcc < 1:4956178/151‑1 (MQ=255) gggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGcc > 1:3083254/1‑151 (MQ=255) gggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGcc < 2:4467590/151‑1 (MQ=255) ggCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGCGccc < 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aatccGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCATCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGTTATCGAGGCATGCACCAAGGCGTTCGCGCGCAAATCCCACAGGCATAATTGGCCTGTTACAATCGTAGGTGCggg < 2:5147399/148‑1 (MQ=1) gccccgaCGTTTGTGCCGGGCCACCCCCCCCTGCGCCAGTCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCCACATCGAGACATGCGCCAAGGCGGTCGCGCGCAAATCCCACAGGAATAATTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:1663145/145‑1 (MQ=1) cccaCGTTTTTTCCGGGCCAGCCCCTCCTGTGCCTGGCGGGCGCGCCCGCCTTGTTGGTACGACGCGATATCGAGACAGGCACCAAGGCGTTCGCGCGCGAATCCCACAGGCATAATTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 1:5799229/148‑1 (MQ=1) cgcttgtttCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCAGGTTTACCCGCGaa < 2:4757867/148‑1 (MQ=1) cgcttgtttCGGGCCAGTCCCTCCTGCGCCCGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTTCGACGGGATATCGAGGTGTGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCAGGTTTACCCGCGaa > 1:2408678/4‑151 (MQ=1) | GGGCTGGGTGAACGGGTGTTCACACAGGATTGTGAGGGGACAGGATGTACGGCGATGTTGATGTGTTGGCGGGGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGTTTGTTTCGGGCCAGTCCCTCCTGTGCCTGGCGCGCGCGACCGCCTTGTTTGTACGACGCGATATCGAGGCATGCGCCAAGGCGTTCGCGCGCAAATGCCACAGGCATAACTGGCCCGAAACAAACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > CP009974/541922‑542193 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |