| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 4,132,231 | A→C | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375 → / ← RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 4,132,231 | 0 | A | C | 79.6% | 644.1 / 156.9 | 279 | intergenic (+147/+82) | RPPX_18375/RPPX_18380 | membrane protein/phosphonoacetaldehyde hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/37); new base C (119/103); total (139/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AATAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGGGCGCAGGCCG‑C‑G‑GTAGGAGCGGCCTTGTGTGGCACAAGGGCCGCTTCCACAGCGAAACCGCAGGGGTCAGAAGGCTTGCGGCATCTCGCCCTTGGCCAGGCGCCGGTTGATGTCGGCAATGACTTCGGGGAG > CP009974/4132080‑4132378 | agtAGCGTTGTAGCGCGGGTTTGTCGGGCGGAGGAGGGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGCTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCGGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCGGATCGGGGG‑GGaca < 2:6257339/149‑1 (MQ=17)aaTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGaca < 1:4330835/151‑1 (MQ=255) aTAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGacac < 2:3225181/151‑1 (MQ=255) tAGCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGAcaca < 1:4850468/151‑1 (MQ=255) gCGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAgg > 2:1861139/1‑151 (MQ=255) ggtgcTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGt < 1:1546695/147‑1 (MQ=255) cGTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGGCACAGGt > 1:2304343/1‑151 (MQ=255) gTTCTAGCTCAGGTTTGTCGGCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTc < 1:3947505/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |