Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 4,258,919 | C→G | intergenic (+132/+99) | prpE → / ← RPPX_18965 | propionyl‑CoA synthetase/ATPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 4,258,919 | 0 | C | G | 99.7% | 1051.5 / NA | 303 | intergenic (+132/+99) | prpE/RPPX_18965 | propionyl‑CoA synthetase/ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (155/146); total (157/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TTTGCCCAGGGCGGGTTGATGGTTTGACCTCGATGGCCCCTTCGCGGGCGGGACGTGCATCGGTGGCTCGGCAGAGGCCGTCGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTACTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGACGCATCGGTGGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGCTCAGGCACTGCAGGCTCAGGGGGCAATCTGGTGCAGTTGCCCCAACCGGCTGCGGGTACGCA > CP009974/4258769‑4259064 | cccAGGGCGGGTTGATGGTTTGACCTCGATGGCCCCTTCGCGGGCGGGACGTGCATCGGTGGCTCGGCAGAGGCCGTCGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGcggccg > 1:3922345/1‑151 (MQ=255) ccAGGGCGGGTTGATGGTTTGACCTCGATGGCCCCTTCGCGGGCGGGACGTGCATCGGTGGCTCGGCAGAGGCCGTCGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCggccgc < 1:5759917/151‑1 (MQ=255) ccAGGGCGGGTTGATGGTTTGACCTCGATGGCCCCTTCGCGGGCGGGACGTGCATCGGTGGCTCGGCAGAGGCCGTCGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCggccgc < 1:2122627/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |