| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009974 | 4,286,522 | C→T | intergenic (+378/+266) | RPPX_19070 → / ← RPPX_19075 | LacI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 4,286,522 | 0 | C | T | 97.8% | 1141.2 / 5.7 | 366 | intergenic (+378/+266) | RPPX_19070/RPPX_19075 | LacI family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/4); new base T (147/208); total (151/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
CGTCTGCGGGAGGGAATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAC‑ACAGATCGGTGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCAC > CP009974/4286375‑4286669 | gTCTGCGGGAGGGAATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACctgccg > 1:3153704/1‑151 (MQ=255) gTCTGCGGGAGGGAATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACctgccg > 2:74974/1‑151 (MQ=255) ggggaggtaATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTGCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAc < 1:1508939/150‑1 (MQ=255) cGGGAGGGAATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAc < 2:1951772/151‑1 (MQ=255) gggagggaATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAcc > 1:460719/1‑151 (MQ=255) gggagggaATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCCGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCAcc > 2:4120816/1‑151 (MQ=255) agggaATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGtt < 2:6517915/151‑1 (MQ=255) gggaATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGttc > 2:1134761/1‑150 (MQ=255) gggaATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTg > 1:5799940/1‑151 (MQ=255) gaATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTgcg < 2:2899950/151‑2 (MQ=255) tctcGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTgcggcc < 1:4290533/151‑1 (MQ=255) ctcGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTgcggccg < 1:3656842/151‑1 (MQ=255) cGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTgcggccgcg < 1:4375926/151‑2 (MQ=255) cAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCGCCGCTGCGTCCGCGAc > 2:2147259/1‑151 (MQ=37) cAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCGAc < 1:2227146/151‑1 (MQ=255) cAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCGAc > 2:4621314/1‑151 (MQ=255) cAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCCAc > 2:1238284/1‑151 (MQ=255) gcTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGGTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCGACCGTAt < 2:3454852/151‑1 (MQ=255) 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tatCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCGACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAC‑ACAGATCGGTGGTGGacac < 2:2804111/151‑1 (MQ=255) tatCCCTTGAGAACGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCGACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAC‑ACAGATCGGTGGTGGacac < 1:6299063/151‑1 (MQ=255) atCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCGACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAC‑ACAGATCGGTGGTGGAcaca < 1:218362/151‑1 (MQ=255) attGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCGGCCGCGACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAC‑ACAGATCGGTGGTGGACACAGGTc < 2:3133962/150‑1 (MQ=255) cgtaggttGGCCCAGGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCTGCCGTTCACCGTTGTCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAC‑ACAGATCGGTGGTGGACACAGGTCg < 1:390974/144‑1 (MQ=14) 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CGTCTGCGGGAGGGAATCTCGCAGGCGCTTTATTATTGCCTGTGGCCGCCTCTTCGCGCTGAAAACATATCCCTTGAGAATGGCGCAGGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCG‑CTCCTAC‑ACAGATCGGTGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCAC > CP009974/4286375‑4286669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |