| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009974 | 4,363,550 | T→C | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410 → / → RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009974 | 4,363,550 | 0 | T | C | 78.0% | 720.3 / 205.4 | 362 | intergenic (+206/‑109) | RPPX_19410/RPPX_19415 | alkyl hydroperoxide reductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/59); new base C (135/142); total (158/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
CTGTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGTTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCC > CP009974/4363403‑4363696 | cTGTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGCTCGGTGGTAGACACACATCAGA‑GGGTgg > 2:2375511/1‑151 (MQ=255) aGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAg < 1:4029152/151‑1 (MQ=255) gccgttgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGgc > 1:5276767/7‑151 (MQ=17) aTCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAgg < 1:5407580/151‑1 (MQ=255) tcccgttAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGgcc < 2:819964/145‑1 (MQ=255) ccgttgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGGCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACACATATCGGGGGTAGACACACATCGGG‑CGCTAG‑GCACAGgcg > 2:4524801/6‑150 (MQ=14) cgttgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGGAAACGCGCTCCTACACAGAGCGGTGGTAGGCACATATCGGA‑GGCTGG‑CCACAGgccg > 2:1060407/5‑151 (MQ=14) gtggaGGGGGGGGTTGACCCGCGATGAGGCCGGGCCTGCGGGCCAGTCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGgccgcc < 2:5638870/147‑1 (MQ=17) tgTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGccgccg < 1:1038589/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTa < 2:59767/150‑1 (MQ=255) gggggCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGgccgttgta < 2:3794332/150‑6 (MQ=18) gggCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑CCCCAGGCCGCTGTAgg > 1:2475386/1‑151 (MQ=18) gggCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGgccgttgtagg < 2:5779701/151‑8 (MQ=18) gggCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGgccgttgtagg < 2:2465316/151‑8 (MQ=18) gagCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGa < 1:140069/149‑1 (MQ=255) ggCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGa < 1:76795/151‑1 (MQ=18) cGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGc < 1:5969247/151‑1 (MQ=18) gggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCg < 2:4179703/151‑1 (MQ=18) gggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTGGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCg < 2:1550048/151‑1 (MQ=17) ggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCggg < 1:2046050/151‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGt < 1:592380/151‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGt > 1:4398330/1‑151 (MQ=255) ttCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGA‑GGCTgg > 1:1531556/1‑126 (MQ=255) ttaCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGttt < 1:4839426/149‑1 (MQ=255) ttaCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGAGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑GCACAGGCCGCCGTCGCAGCGGGttt > 1:4642423/3‑151 (MQ=17) cACCGGAGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGttt < 2:2020008/151‑1 (MQ=17) aCCCGCGAAGAGGCGGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTTa < 1:1005742/151‑1 (MQ=17) aCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGAGGGTTGG‑CCCCAGGCGGGTTAAGGGGCGGGTTTa > 2:1724060/1‑151 (MQ=17) cgcgAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:5732894/151‑1 (MQ=17) gcgAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 2:5885235/151‑1 (MQ=17) cgAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGA‑GGGTGGCACACAGCCCGTTGTAGGAGCGGGCTTAccccc > 2:6529056/1‑149 (MQ=17) gAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 2:3352491/151‑1 (MQ=17) agagGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaa > 2:6019592/1‑151 (MQ=255) ggCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaagag < 2:3279911/151‑4 (MQ=17) ggCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaagag < 1:5591682/151‑4 (MQ=17) ccGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCACAGATCGGCGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACACGCCGCCGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAAGGGcc > 2:4771834/1‑151 (MQ=255) ccGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGATCGGGTTTACCCGCGAAAGGGcc > 1:729358/1‑151 (MQ=255) ccGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGcc > 2:6437784/1‑151 (MQ=255) ccGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGcc < 1:3163234/151‑1 (MQ=255) ggctcgctgGCCAATCTCCCCCGGTCGTTCACCGTTCCTGCCGCTACACTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGCCACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGt < 2:142381/146‑1 (MQ=17) ggCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGA‑GGCTGG‑ACCCCGGCCGCCGGAGGAGGGGGGTTACCCGCCGAAGGGCCggg > 2:4387748/1‑150 (MQ=18) gCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTg > 1:4947701/1‑151 (MQ=255) gCCTGCGGGCTGATCGCCGCCAGGCGTTCACCGTTGCTGCCGGTACCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGGCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTg < 2:305884/151‑1 (MQ=17) ccTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTgc > 2:3179708/1‑151 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCCGAGGGTTGG‑ACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgggc > 1:1951147/1‑149 (MQ=14) ctgctgGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTgca > 1:4824011/1‑151 (MQ=255) ctgctgCCCAATCTCCCCCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACAAACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTgca < 1:1861959/151‑1 (MQ=18) ctgGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTgcaagc > 1:1334762/1‑151 (MQ=255) ctgGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGCATTCGCGGGTACACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTgcaagc < 1:3527574/151‑1 (MQ=255) cAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑GCACCAGCCCGCGGAAGAGGGGGGTTACCCGCGGAAGGGGCGGGGCcagcaaagc > 2:1670868/1‑151 (MQ=18) aaTCTCCACCAGTCGTTCGCCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCaagcaaagca < 1:2154685/151‑1 (MQ=255) aaTCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCaagcaaagca < 1:6070937/151‑1 (MQ=255) aaTCGCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCaagcaaagca < 1:332605/151‑1 (MQ=255) tctcCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAgg > 1:4738931/1‑151 (MQ=255) caccaGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGAccc > 2:3984856/1‑150 (MQ=255) ccaGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGa < 1:6349099/151‑1 (MQ=255) caGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGaa < 2:2799487/151‑1 (MQ=255) gTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAgg < 2:2411996/151‑1 (MQ=255) aCCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTAt > 1:1771860/1‑151 (MQ=255) gTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGACCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGCAGCGGGGTTACCCGCGCAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGCGCTGAAGGTGCCTATGCt > 2:1389101/1‑151 (MQ=21) ttGCTGCCGCGCCCGTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCtt < 2:1280387/151‑1 (MQ=255) ggccggcaCCGTATGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGAGCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTg < 2:5283928/144‑1 (MQ=21) ccGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCa < 1:6385743/151‑1 (MQ=255) cGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAg < 1:237941/151‑1 (MQ=255) cTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCACCTACGCAGGTGGGTGGTAGACACACATAGGC‑GGCTGG‑CAACAGGCCGGCGTAGGAGGGGGTTGACGCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCACAGGAGGGCCGGACAGTGTCTAGGCTTGGCGCAGAc > 2:631205/1‑151 (MQ=12) gccGTAGTCGCGGGCAAACCCCCTACTACACCGATCGGTAGTAGACACCCATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACct < 1:5807794/150‑1 (MQ=25) aCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACct > 2:740478/1‑151 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACctc > 1:550335/1‑151 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACctc < 1:2952703/151‑1 (MQ=255) cGTATTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACctct < 1:2817192/151‑1 (MQ=255) gTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCtctc > 2:3430309/1‑151 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCa < 1:920322/151‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTTACAGACACACATCGGC‑GCCTAG‑ACACAGGCCGCCGCAGGAGGGGGTTTACCCGCCGAAGGACCCGTGCAACCACATCAGCGCCTGAAGGTGTCGTTGCTTACTCCTGAccccgcac > 2:4944049/1‑145 (MQ=9) tgcgcgGGTAAACCGGCTCGTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACGCAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAgg < 2:4688186/149‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCCCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑CGCGGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAACGGGTCTAGGCTTAGTCCAGACCCCTCAGGaacc > 2:5664900/1‑149 (MQ=18) cgGGGAAACCCGCTCCTACACAGGTCGGGGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATc < 1:6541517/151‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATca > 2:3955909/1‑151 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATca > 1:2781421/1‑151 (MQ=255) ggTAACCCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCATGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATcac < 2:6126681/151‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATcac < 1:3866252/151‑1 (MQ=255) tAAGCCCGCTCGTACACAGATCGGAGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCacac < 1:6263440/151‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACACAGAGCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCacac < 2:1872438/151‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCa > 2:3724654/1‑151 (MQ=255) cccGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCGCACCCAt > 2:4331316/1‑151 (MQ=255) cGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACCCCCATGa < 1:4143938/151‑1 (MQ=255) gCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGAc < 2:885873/151‑1 (MQ=255) tCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGAccc > 2:253309/1‑151 (MQ=255) aaacaGATCGGTGGTAGAACCCCATCGGA‑GGCTGG‑AGACAGGCAGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGAt < 2:2641348/149‑1 (MQ=38) cacaGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATc > 2:222424/1‑151 (MQ=255) gATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGcc > 2:5398510/1‑151 (MQ=255) ttCGGTGGTAGACACACACCGGG‑GGCGGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCcg < 2:1196189/150‑1 (MQ=38) ggtggtAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACGTGAAGGTGTCTATCCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGa > 2:6268144/1‑151 (MQ=255) tAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCt > 1:6460884/1‑151 (MQ=255) tAGACACACATCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCt > 1:3062646/1‑151 (MQ=255) cacccaTCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCtggtg < 2:5485696/151‑1 (MQ=255) acaTCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCt > 1:1658488/1‑151 (MQ=255) aTCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAg > 1:1191722/1‑151 (MQ=255) aTCGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGCTGGCTAg > 2:6197791/1‑151 (MQ=255) cGGA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTc < 1:1724060/151‑1 (MQ=255) ggA‑GGCTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTcc > 1:5153717/1‑151 (MQ=255) | CTGTGAAGATCCCCGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCAGTCGTTCACCGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATCGGTGGTAGACACACATCGGA‑GGTTGG‑ACACAGGCCGCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGTGCAAGCAAAGCAGGACCTGAAGGTGTCTATGCTTACTGCAGACCTCTCAGGAATCACACCCATGACCCTGATCAGCCGCGAACCCTGGTGGCTAGTCCC > CP009974/4363403‑4363696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |