Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009974 | 5,007,323 | T→A | F82Y (TTC→TAC) | RPPX_22185 → | phenylacetate‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 5,007,323 | 0 | T | A | 99.1% | 1129.4 / NA | 320 | F82Y (TTC→TAC) | RPPX_22185 | phenylacetate‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (156/158); minor base C (2/1); total (158/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TGGAGCCTGAAGCACGCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTACCCCTTCACCGGCAAGAACGATCTGCGCGACAACTACCCCTTCGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGCGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGCGGCCGGCGG > CP009974/5007175‑5007470 | ggAGCCTGAAGCACGCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACgg < 2:1117973/151‑1 (MQ=255) gCCTGAAGCACGCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCAt < 1:5933558/151‑1 (MQ=255) gAAGCACGCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGttt < 1:5383567/151‑1 (MQ=255) 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aCGCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGt < 1:1549607/151‑1 (MQ=255) aCGCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGt > 1:847819/1‑151 (MQ=255) gCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGc < 2:2086996/151‑1 (MQ=255) aCGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCa < 2:3000956/151‑1 (MQ=255) cAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGgaa > 1:5089181/1‑151 (MQ=255) cAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGgaa > 2:659528/1‑151 (MQ=255) aaTGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGgaag > 2:2688767/1‑151 (MQ=255) aaTGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGgaag < 1:935770/151‑1 (MQ=255) aTGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGgaaga < 1:2406222/151‑1 (MQ=255) aTGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTTCCCCTTCACCGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGgaaga < 2:3242765/151‑1 (MQ=255) 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cGGCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAAtgtg < 1:1779008/151‑1 (MQ=255) ggCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTgg < 2:835367/151‑1 (MQ=255) ggCAAGAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTgg > 1:3498607/1‑151 (MQ=255) aaGAACGACCTGCGCGACAACGACCCCGACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTg < 2:1851760/151‑1 (MQ=255) gAACGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGcc < 2:5840782/151‑1 (MQ=255) aCGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCg < 1:4068385/151‑1 (MQ=255) aCGACCTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCg < 2:3652735/151‑1 (MQ=255) cgaccTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGt < 1:6240778/147‑1 (MQ=255) gaccTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGCACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGtt > 2:1917012/4‑151 (MQ=255) accTGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTc > 2:3126498/3‑151 (MQ=255) tGCGCGACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCAt > 1:6018861/1‑151 (MQ=255) cgACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGACCTCGACACCTGCGCCAAGGCGGCCGCCCGCTCCCTTccc > 2:4798308/1‑149 (MQ=255) gACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTg < 2:754605/151‑1 (MQ=255) gACAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTCCCCTCCGtc > 2:4453138/1‑150 (MQ=255) aCAACTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGc < 1:3972423/151‑1 (MQ=255) aCTACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGcggc > 2:3453372/1‑151 (MQ=255) tACCCCTCCGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGcggccg < 1:5237522/151‑1 (MQ=255) tACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGcggccg > 2:3076330/1‑151 (MQ=255) tACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGcggccc > 2:4228842/1‑150 (MQ=255) tACCCCTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGcgcccc > 2:4268029/1‑150 (MQ=255) ccccTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATCTCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTCCCATTCGTGcggccggc > 2:5957291/1‑151 (MQ=255) cccTACGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGTGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGCGGCcggcg > 1:1684096/1‑151 (MQ=255) | TGGAGCCTGAAGCACGCCTACGACAATGTGCCGTTGTACCGCCAGCGCTTTGCCGAGTACGGCACCCACCCTGATGACCTCAAGTGCCTGGAAGACCTGGCGAAGTACCCCTTCACCGGCAAGAACGATCTGCGCGACAACTACCCCTTCGGCATGTTTGCCGTGCCCCAGGAAGAAGTGGTGCGCCTGCATGCCTCCAGCGGCACCACCGGCAAGCCGACGGTGGTCGGCTACACCCAGAACGATATCGACACCTGGGCCAATGTGGTTGCCCGTTCCATTCGTGCGGCCGGCGG > CP009974/5007175‑5007470 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |