| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 1,160,779 | C→T | intergenic (+4302/‑10981) | RPPX_05120 → / → RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009974 | 1,160,779 | 0 | C | T | 99.7% | 1165.3 / NA | 313 | intergenic (+4302/‑10981) | RPPX_05120/RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (162/150); minor base G (1/0); total (163/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
AACGCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCT‑GCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGACAACAACGGCACCTCG > CP009974/1160631‑1160926 | aaCGCCTGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCT‑GCTGGTAg < 2:223414/151‑1 (MQ=255) tGAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCT‑GCTGGTAGCCgcgt > 2:847191/1‑148 (MQ=255) gAGCCTGGTACAGACCGACCAGAGCGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCT‑GCTGGTAGCCGcgtg > 1:1588762/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |