Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009974 | 1,358,523 | C→A | intergenic (+384/+2306) | RPPX_05970 → / ← RPPX_05980 | hypothetical protein/tRNA‑Thr |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 1,358,523 | 0 | C | A | 99.0% | 1103.3 / NA | 313 | intergenic (+384/+2306) | RPPX_05970/RPPX_05980 | hypothetical protein/tRNA‑Thr |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base A (159/150); total (163/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
GGACTGGCGGCTCCTTACGTCCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCCTCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACCGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGATCAGGGCTGCA > CP009974/1358375‑1358670 | ggACTGGCGGCTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAgg > 2:2029233/1‑151 (MQ=14) ggACTGGCGGCTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAgg < 2:1287577/151‑1 (MQ=14) ggcggaTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCCGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCAt < 2:3578478/151‑1 (MQ=14) cggcTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGc < 1:4225816/151‑1 (MQ=14) cggcTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGc > 2:591844/1‑151 (MQ=14) ggcTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGTGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATTCACCCCTGCGATGACCGGGGCATGcc > 1:3886293/1‑151 (MQ=14) ggcTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGcc > 2:5312437/1‑151 (MQ=14) gcTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCt < 1:5145111/151‑1 (MQ=14) gcTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCt < 1:4063077/151‑1 (MQ=14) cTCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTg < 2:3673454/151‑1 (MQ=14) tCCTTAAGACCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGa < 1:5754040/151‑1 (MQ=255) ggCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTGCCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTg < 2:4964895/150‑1 (MQ=255) gCAAGGGCATCTCATGATCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGc > 2:1206894/1‑151 (MQ=255) 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aTCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTc > 2:4239720/1‑151 (MQ=255) tCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCt < 1:2925911/151‑1 (MQ=255) tCTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCt < 1:2263967/151‑1 (MQ=255) cTGGCTCCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTg < 1:5801823/151‑1 (MQ=255) ggctccctGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCg < 2:1053587/146‑1 (MQ=255) ctccctGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGc > 1:4074473/4‑151 (MQ=255) tccctGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCa > 1:1001569/3‑151 (MQ=255) tccctGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCa < 2:2935091/149‑1 (MQ=255) cctGGGGACCGTTGCCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGGCGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCAcc < 2:1897363/151‑1 (MQ=255) cctGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCAcc < 2:5778457/151‑1 (MQ=255) 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agaCCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGa > 1:5977751/1‑151 (MQ=255) agaCCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGa > 1:139681/1‑151 (MQ=255) aCCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGAtt < 2:142091/151‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTg > 1:5591157/1‑151 (MQ=255) cAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGt < 2:6466316/151‑1 (MQ=255) 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gcagcaCTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGc < 2:3414419/151‑1 (MQ=255) agcaCTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGa > 2:6183244/1‑151 (MQ=255) gcaCTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGAt < 2:4108866/151‑1 (MQ=255) taCTGCGATTACAGGGGGATGCCTGGCTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCAACATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGAGCTCGGCTTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGATc < 2:1672036/150‑1 (MQ=14) cTGCGATGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGATCAg < 2:5661959/151‑1 (MQ=255) 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aTGACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGATCAGGGCTg < 2:5061599/151‑1 (MQ=255) gACAGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGATCAGGGCTgca < 2:907521/151‑1 (MQ=255) | GGACTGGCGGCTCCTTACGTCCGGGAGCAAGGGCATCTCATGATCTGGCCTCCTGAGCACCGTTACCGGTGGGCGGGTGGAGGCTGCATTGGCTGACGAGACCAGTGCCGCGAGATCCTGAGCCGGGTGCATGCAGCACTGCGATGACCGGGGCATGCCTGACTGTCAGTCAGGTGCAGTCCATTCCTTGGTCTGCGGCACCATCATCTACAACGCTGTTGCTGGTGACATCGGCGTTTGTCACGCCGATTGTCACGAGTGGAGTAGCCGCAAAGCCATGTGCGATCAGGGCTGCA > CP009974/1358375‑1358670 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |