| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP009974 | 1,896,150 | C→G | intergenic (‑3928/‑4669) | RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009974 | 1,896,150 | 0 | C | G | 91.2% | 6554.5 / inf | 3543 | intergenic (‑3928/‑4669) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/152); new base G (1653/1570); total (1819/1724) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 3544 total aligned reads displayed.
CGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCG > CP009974/1896000‑1896299 | ccTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGc > 1:421700/1‑151 (MQ=25) cGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGc > 1:4894874/1‑151 (MQ=16) ggTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCa > 2:4418685/1‑151 (MQ=21) ggTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCa < 1:3361198/151‑1 (MQ=21) ggTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCa < 2:4903932/151‑1 (MQ=12) gtcaCCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCAt > 1:5412589/4‑151 (MQ=9) gACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATcc < 1:6494393/151‑1 (MQ=16) gACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATcg < 1:1473436/151‑2 (MQ=9) 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ggTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCATCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGAca > 2:5574747/1‑150 (MQ=255) gtggcagTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGCCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGCCgg > 2:2386109/7‑150 (MQ=16) tggcgGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCGCAGGCTGATCTGGCCCGCATGCTGGTAGACGtt > 1:5951103/3‑150 (MQ=25) ggggagTCAGCGTGGGCGCGACTTCGGCGAGGGTGTGGGTGACATCCACTGTCGCGGCACCGCCCGACTCGGGGTTCTCGAACGCAGCACCGGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTc < 2:5704192/146‑1 (MQ=255) ggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCa < 2:6461472/150‑1 (MQ=37) 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ggCTGAGCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGt < 2:4793350/151‑1 (MQ=11) gCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTg < 1:308768/151‑1 (MQ=11) | CGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCG > CP009974/1896000‑1896299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |