Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009974 | 382,187 | C→T | intergenic (+323/+206) | RPPX_01535 → / ← RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009974 | 382,187 | 0 | C | T | 98.7% | 854.5 / ‑0.6 | 318 | intergenic (+323/+206) | RPPX_01535/RPPX_01540 | guanine permease/5‑hydroxyisourate hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (155/158); total (157/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TCCCACTGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAA > CP009974/382039‑382334 | ccccACTGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTtgctgc < 2:1664277/150‑1 (MQ=255) cACTGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCtgccgc < 1:2282122/151‑1 (MQ=255) cggCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCGCTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCtgccgcca < 2:1549480/149‑3 (MQ=21) cTGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCtgccgccc > 1:463427/1‑149 (MQ=255) cTGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCtgccgcca < 2:4422369/151‑3 (MQ=255) gCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAcc > 1:4366162/1‑151 (MQ=255) gCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCAcc > 1:2187494/1‑151 (MQ=255) gTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCTGCCGCCACCGt < 1:3610054/151‑1 (MQ=21) 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TCCCACTGCGTCAAATGGCCCGAAACAGACGTAGGAGCCACTATCTTGCTTAACATTGGAAAGGCCTGCGCGGTCCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCGGTGGTGGACACACATGTCGGGGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATGCAAAAAACAGCAGACGAAAA > CP009974/382039‑382334 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |