| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | U00096 | 935,584 | 0 | A | T | 20.2% | 195.3 / 25.3 | 121 | P787P (CCA→CCT) | ftsK | cell division DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/30); new base T (8/15); total (71/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.79e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGA > U00096/935437‑935732 | tGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCcac < 2:873368/149‑1 (MQ=255)tGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGAGCCGCATCCACAAAATCAGCAGCAGCAACAACCGAATACGCcac > 2:873594/1‑149 (MQ=18) cagcagCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCAcagca < 2:873370/149‑1 (MQ=255) catccGCAACAACCGTTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCACTTCCGCCGCAGCCGCAGTCTCAGCACCCACAACAGCCGGGTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAgcagca < 1:873371/146‑1 (MQ=21) ccGCATCATCCGGATCCTCAGCAGCAGCAATATAAGGAGCCTCATCAAACTTATCCGCTGCTGGCGCAGTATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTGCTCCGCATCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAata < 2:873390/149‑1 (MQ=16) ccGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAata < 2:873373/149‑1 (MQ=255) gCAACATCCGTATGCACAGCAGCAGCAATATCTTCATCCTCAACAACCATATCCGCCGCAGCCGCATTATCATCAGCCACAACAGCAGTCTGCTCCTCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATc < 2:873374/149‑1 (MQ=18) gCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCTCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATc < 1:873375/149‑1 (MQ=255) gCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATc > 2:873565/1‑149 (MQ=255) 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cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGt < 2:873381/149‑1 (MQ=255) agcagcaATACCCCCAGCCGCAACAACCAGATCCTCGGCATCCCCCTTAGCAGCAGCAACACCAGCCGGCTGCGCCGCAGCCACCATATCAGCACCCGCAACACCCGGTTGCTCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGtt < 2:873404/149‑1 (MQ=18) gcaATATCAGCAGCCTCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGAGCCTCATCCACAATATCATCAGAATCAACAACCGGATGAGCCACAGCCCAAAAATCGTCAGCAGCAACAACCgcagacgc > 2:873591/1‑142 (MQ=16) gcaATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTgcgc < 2:873382/149‑1 (MQ=255) aaTATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACACTATCCGCAGCATCAACATCAGGTTGCGCCACATCGGCACAGTCAGCAGGAGCAAAAACCGGTTGcgccc > 2:873476/1‑148 (MQ=18) 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aacaacCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGCGCCACATCACCACTAACAGCAGAAGCAACAACCGAATACGCCGctgccgcagaagcat > 2:873574/1‑143 (MQ=21) acaacCAGTTCCGCCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGCTCCTCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATcagc < 1:873385/149‑1 (MQ=255) aacCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATcagcag > 2:873441/1‑149 (MQ=255) aacCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCACCAATAACAGCAGCCGCAACAACCGGTTCCGCCGCAGCAGCAGAATcagcag > 2:873630/1‑149 (MQ=255) aGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCcac > 2:873553/1‑149 (MQ=255) 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cagcagCCACAACAGCCTGTTGCGCCGCAGCCACAATATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAAcc < 1:873403/149‑1 (MQ=255) agcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAAcc > 1:873652/1‑148 (MQ=255) catcaGCCGTTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATAc < 2:873408/146‑1 (MQ=255) aacaGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATAcc > 2:873558/1‑149 (MQ=255) acaGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCagcagc > 1:873602/1‑113 (MQ=255) caGCCGTTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCt < 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2:873435/149‑1 (MQ=255) cGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGc > 2:873615/1‑149 (MQ=255) gCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTGGATGCGTAATGGCGACAGcc > 2:873616/1‑149 (MQ=255) catcttgcGGTTGCGCCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGccg < 2:873444/142‑1 (MQ=255) catcatgcGGCTGCGACTCAGCAGCAAGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGccg < 2:873457/142‑1 (MQ=25) caacaaCCGGCTGCGCCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGccg < 1:873438/149‑1 (MQ=255) acaacCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATcc < 2:873440/120‑1 (MQ=255) acaacCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATcc > 1:873440/1‑120 (MQ=255) caacCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACa < 1:873441/142‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGtt > 1:873668/1‑149 (MQ=255) cGGTTGCACCCCAGGAGCATTCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTg < 2:873443/149‑1 (MQ=37) ggTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGc > 1:873689/1‑149 (MQ=255) ggTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGc > 1:873629/1‑149 (MQ=255) atcgcgcCCCAGCATCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGTTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCa < 2:873450/146‑1 (MQ=37) tGCTCCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATa < 2:873448/149‑1 (MQ=255) tGCTCCCCAGCTGCATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATa < 2:873449/149‑1 (MQ=255) tGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCCGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATa > 1:873680/1‑149 (MQ=255) gcgcCACAGCATCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATaa < 2:873451/149‑1 (MQ=255) gcgcCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATaa > 2:873666/1‑149 (MQ=255) gcCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAAc > 1:873605/1‑149 (MQ=255) acaGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACcga > 1:873582/1‑149 (MQ=255) | TGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGA > U00096/935437‑935732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |