| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | U00096 | 2,560,985 | 0 | C | A | 20.9% | 255.6 / 13.7 | 115 | intergenic (+87/‑383) | yffL/yffM | uncharacterized protein YffL/uncharacterized protein YffM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/52); new base A (10/14); total (49/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GATCGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > U00096/2560837‑2561129 | gATCGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTc < 2:2476000/149‑1 (MQ=255) cGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCaaa > 2:2476219/1‑149 (MQ=255) cGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaa < 2:2476001/149‑1 (MQ=255) cGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaa < 2:2476003/149‑1 (MQ=255) cGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATACCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaa < 2:2476002/149‑1 (MQ=255) ggCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGAGGGTaaaat > 2:2476209/1‑148 (MQ=255) gCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGATATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGTTTGGTAaaaat > 2:2476143/1‑148 (MQ=255) gCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAg < 1:2476004/149‑1 (MQ=255) aGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGtt < 2:2476006/149‑1 (MQ=255) aGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGtt < 2:2476007/149‑1 (MQ=255) gAAAGGGAGTGCAACGAATACCGGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTg < 1:2476009/149‑1 (MQ=255) gAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTCCAACATGAAATAACGGAAGCCGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTg < 1:2476008/149‑1 (MQ=255) aaaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGc > 1:2476103/1‑149 (MQ=255) aaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:2476010/149‑1 (MQ=255) aaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:2476011/149‑1 (MQ=255) gggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 2:2476012/149‑1 (MQ=255) ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 2:2476013/149‑1 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:2476014/149‑1 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 2:2476015/149‑1 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:2476016/149‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 1:2476020/148‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 1:2476019/149‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:2476021/145‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAATTGGCCGGTAAggagt > 2:2476149/1‑146 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAAATTTGACTTTAaggaggc > 2:2476204/1‑148 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:2476022/149‑1 (MQ=255) gAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAATTTTGCCGTGTAGGTgtggg > 2:2476167/1‑145 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 1:2476024/149‑1 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 2:2476023/149‑1 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACGTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGAAAAAAGTTGCCATAAAGGAGGGTCaaa > 2:2476192/1‑149 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 2:2476025/149‑1 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATAGGTGGCTCAAAAGTTGCCTTGTAGGAGGGTCaaaat > 2:2476212/1‑148 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 2:2476027/149‑1 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 2:2476026/149‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCaaattttga > 2:2476151/1‑143 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 2:2476028/149‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAATTTTGCCTTGAAGGAGTGTGaaatttttc > 2:2476162/1‑143 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTGAAGGAGGATCAAAAGTTGca > 2:2476125/1‑148 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGCGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAACTAGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 1:2476029/147‑1 (MQ=255) tttCAAGCCGTACAACCTGAAATTAAGGAATCTGGCGGGCAATTTTCACGCATTTTCTTTTCCTTAATTTCATGTATTCAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTTTTGGTGGGTCAAATGTATCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 2:2476031/148‑1 (MQ=25) aatCACGCAGTACAACATGAAATACCGGCATCAGGCGCGCAATGATCCCGCCTTCTCTTTGCCTTCATACCACGTATTCAGGTGGGTCAAAAGAGGCCGTTAGGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 2:2476039/147‑1 (MQ=21) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:2476257/1‑149 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:2476033/149‑1 (MQ=255) aGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 1:2476034/143‑1 (MQ=255) cGTACAACATGAAATAACGGAATCCGGCGGGCAATGATCCCGCCTTTTCTTTGCCATAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:2476038/149‑1 (MQ=255) cGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 2:2476037/149‑1 (MQ=255) agTACAACATGAATTAACGGAATCCTTCTTGCAATTTTACCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGTTGGGTCATATGTTGCCTTTATTTGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 2:2476047/148‑1 (MQ=25) acaacaTGAAATTACGGAATCAGCAGGGCATTTTTCCCGCCTTTTGTTTGCCTTAAATACATGAATTCAGGTGGGTAAAAATAAGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa < 2:2476041/149‑1 (MQ=25) caacaTGAAATTACGTAATCCGTCGGGCACTGTTCCAGCCTTATGTATGCCTTTATTCAATGAATTCTGGAGGGTCAAAAGTAGGCTTTACGGGTGGGTCAAATCGCGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 2:2476042/149‑1 (MQ=255) aacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:2476043/119‑1 (MQ=255) aTGAAATTACGGAATCCGCATGGCATTTTTCACGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 2:2476048/149‑1 (MQ=25) gAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGTTGGGTAAAATGTTGCGTTAAAGGAGGGTCAATTGTTGAAGTATAGGTGTGTCAAATGTTGGCGCGGAAgg > 2:2476210/1‑148 (MQ=255) aaTCCGGCGGGCAAACTTCCCGCCCTATCTATCCCATAAATCAATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTAGGCTTTACGGGTGGGTCAAAAGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa < 1:2476053/149‑1 (MQ=21) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctacaa > 2:2476045/1‑147 (MQ=255) ggCAATCGTACCGCCTTTTCTATGCGTTAATTCCCCGTATTCAGTTGGGCCAATTCTCGCCCTTCTGGGTGGCTAAATAGATGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 2:3602051/149‑1 (MQ=16) ttatCCCGCCTTTTGTATTCCTTAATTACATGAATTCAGGTTTGTAAAAAGTAGGCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 2:2476046/146‑1 (MQ=25) tGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 1:2476097/1‑87 (MQ=255) ccGCCTTTTGTAGTCCTTATTTCCATGAATTCAGGGGTGTAAAAAGACGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCt < 1:2476050/149‑1 (MQ=25) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGCTCAAATTTTGACGAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATTCt > 1:2476094/1‑149 (MQ=38) cTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:2476049/94‑1 (MQ=255) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt > 1:2476325/1‑149 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 1:2476328/1‑66 (MQ=255) ccATGAATTCAGGTGGGTAAAAAGATGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGcc < 2:2476052/149‑1 (MQ=255) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACGTTAAGGTGTCTCAAAATTAGACGAGAAAGAATTCTAAAATTATGATTTATAGGCGACGTGATttttattgact > 2:2476291/1‑142 (MQ=16) aTGAATTCAGGGGGCACAAAAGTAGCCGTTAGGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTc < 2:2476054/149‑1 (MQ=37) aaTTCTGCTGGGAAAATAGTAGCCTTTTCTGGTGGGTAATTAGATGCCTTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcg < 2:2476091/149‑1 (MQ=255) aaTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGt > 1:2476215/1‑44 (MQ=255) ggcggctCAAAAGCAGCCCGTATTGGTGGGTAAAAAGGAGCCGTTACGGTGGGGCAAACGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcggt < 2:2476062/143‑1 (MQ=255) tgtataaaGTAGGCTTTACTGGTGGGTAAATAGTTGCCGTTTAGTTGGGTAAAATGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATa < 2:2476066/144‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:2476059/1‑42 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTGAAAATTTGCCGATAAGGTGTCTCAAAATTTGACGAGAAAAAATTGTAAAATTAAGAATTATAGGCGACGGGAGTTTTATAGACTAACGGACGGTAAt > 2:2476282/1‑146 (MQ=16) caaaaaGTAGGCCTTATTGGTGGGTAAAAACTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 2:2476064/147‑1 (MQ=37) aataGTTGGCCTTCGTGGGGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 2:2476072/146‑1 (MQ=38) aaaaGTTGCCGTTCGTTTGGTGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 1:2476058/149‑1 (MQ=38) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg > 1:2476217/1‑55 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAATTTGCCGAGTAAGAATTCTAATATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGACTATCGGGCGGTCATagagag > 2:2476262/1‑149 (MQ=37) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCGACTATTAAGAATTCTAGGAGACGGGAGTTTTTTAGCCTCACTGTCGGTCATagagag > 2:3716298/1‑149 (MQ=38) aaaGTAGGCCTTCGTGGGGGGTAAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag < 2:2476077/149‑1 (MQ=38) aaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:2476298/1‑37 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTTCCGTTAAGGTGGTGGAAAAGTTGCCGAGTAAGAAGTCTACTATTAAGAAATCTAGGCGACGGTATTTTTTTATCCTACCGGTCGGTCATAGAGAGt > 1:2476242/1‑149 (MQ=37) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTc < 2:2476059/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGCATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTAGTACATAGCGAGTCg > 2:3091399/1‑149 (MQ=37) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt > 1:2476211/1‑37 (MQ=255) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAGAGGTTGCCGCGGAAGCGGTCGGCTATTGAGAATTCTCGGCGACGGGAGTGTTGTAGCCTCCCGCGCGGTCATAGGGAGTCGc > 2:2476231/1‑149 (MQ=21) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAAGTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTAAGACTCCCGGGCGGTCATAGAGAGTCGc > 2:2476230/1‑149 (MQ=37) ggctttACTGGTGGGTAATTTGTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAATCTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt < 2:2476096/145‑1 (MQ=255) gCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 1:2476289/1‑42 (MQ=255) gCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTGCAATTAAGAATACTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 2:2476268/1‑149 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg > 1:2476295/1‑145 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa > 1:2476300/1‑149 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAACGTGGTTCAAAAGTTTAAGAGTAAGAATTCTAGAATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCATAACGGGCGGTCATAGAGAGTctgcta > 2:2476152/1‑144 (MQ=25) cGTTACTGGTGGGTCAAAAGATGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 2:2476060/149‑1 (MQ=255) tttttgttggGTCACTAGTTGCCTTTAATGTGGGTCAAATGTTGCGGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 1:2476074/142‑1 (MQ=38) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcgg > 1:3104496/1‑129 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGccgcact > 1:3104495/1‑144 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTAAGCCTCCCGGGCGGTCATAGAGAGTCGACTagag > 2:2476245/1‑149 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTCGGACAAAATTTGCAGAGTAAGAATTCTAGAATTAAGAATACTAGGCGACGGGACTTTTTTAGAATCACGGAGGGTCATAGAGAGTCGCCTAGCGt > 2:2476241/1‑149 (MQ=25) ttgtggGTAAAAATTTGCCTTTATTGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaa < 2:2476108/147‑1 (MQ=38) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa > 1:2476232/1‑149 (MQ=255) gggTAATAAGCTGCCTTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag < 2:2476099/149‑1 (MQ=39) | GATCGGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > U00096/2560837‑2561129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |