| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | U00096 | 2,560,996 | 0 | G | T | 22.5% | 244.0 / 10.6 | 112 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | uncharacterized protein YffL/uncharacterized protein YffM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/45); new base T (9/16); total (51/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > U00096/2560849‑2561144 | gggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 2:2476012/149‑1 (MQ=255) ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 2:2476013/149‑1 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 2:2476015/149‑1 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:2476014/149‑1 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGATTGTAAAATGTTGCCGTTTAg > 2:2476189/1‑149 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:2476016/149‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCATTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 2:2476017/149‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 1:2476020/148‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 1:2476019/149‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGGTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 1:2476018/148‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:2476021/145‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAATTGGCCGGTAAggagt > 2:2476149/1‑146 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:2476022/149‑1 (MQ=255) gAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAATTTTGCCGTGTAGGTgtggg > 2:2476167/1‑145 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 1:2476024/149‑1 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 2:2476023/149‑1 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACGTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGAAAAAAGTTGCCATAAAGGAGGGTCaaa > 2:2476192/1‑149 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATAGGTGGCTCAAAAGTTGCCTTGTAGGAGGGTCaaaat > 2:2476212/1‑148 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 2:2476027/149‑1 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 2:2476026/149‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCaaattttga > 2:2476151/1‑143 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 2:2476028/149‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAATTTTGCCTTGAAGGAGTGTGaaatttttc > 2:2476162/1‑143 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTGAAGGAGGATCAAAAGTTGca > 2:2476125/1‑148 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 2:2476030/149‑1 (MQ=255) tttCAAGCCGTACAACCTGAAATTAAGGAATCTGGCGGGCAATTTTCACGCATTTTCTTTTCCTTAATTTCATGTATTCAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTTTTGGTGGGTCAAATGTATCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 2:2476031/148‑1 (MQ=25) aatCACGCAGTACAACATGAAATACCGGCATCAGGCGCGCAATGATCCCGCCTTCTCTTTGCCTTCATACCACGTATTCAGGTGGGTCAAAAGAGGCCGTTAGGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 2:2476039/147‑1 (MQ=21) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:2476257/1‑149 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 1:2476032/137‑1 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:2476033/149‑1 (MQ=255) aGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 1:2476034/143‑1 (MQ=255) cGTACAACATGAAATAACGGAATCCGGCGGGCAATGATCCCGCCTTTTCTTTGCCATAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:2476038/149‑1 (MQ=255) agTACAACATGAATTAACGGAATCCTTCTTGCAATTTTACCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGTTGGGTCATATGTTGCCTTTATTTGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 2:2476047/148‑1 (MQ=25) acaacaTGAAATTACGGAATCAGCAGGGCATTTTTCCCGCCTTTTGTTTGCCTTAAATACATGAATTCAGGTGGGTAAAAATAAGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa < 2:2476041/149‑1 (MQ=25) caacaTGAAATTACGTAATCCGTCGGGCACTGTTCCAGCCTTATGTATGCCTTTATTCAATGAATTCTGGAGGGTCAAAAGTAGGCTTTACGGGTGGGTCAAATCGCGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 2:2476042/149‑1 (MQ=255) aacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:2476043/119‑1 (MQ=255) acaTGAAATAAAGGAATCAGTCGGGCATTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg < 2:2476044/149‑1 (MQ=255) gAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAATTTTGCCGTTAAGGTGGGTCACATGTTGACTAGTa > 1:2476131/1‑146 (MQ=38) gAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGTTGGGTAAAATGTTGCGTTAAAGGAGGGTCAATTGTTGAAGTATAGGTGTGTCAAATGTTGGCGCGGAAgg > 2:2476210/1‑148 (MQ=255) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctacaa > 2:2476045/1‑147 (MQ=255) ggCAATCGTACCGCCTTTTCTATGCGTTAATTCCCCGTATTCAGTTGGGCCAATTCTCGCCCTTCTGGGTGGCTAAATAGATGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 2:3602051/149‑1 (MQ=16) ttatCCCGCCTTTTGTATTCCTTAATTACATGAATTCAGGTTTGTAAAAAGTAGGCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 2:2476046/146‑1 (MQ=25) tGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 1:2476097/1‑87 (MQ=255) ccGCCTTTTGTAGTCCTTATTTCCATGAATTCAGGGGTGTAAAAAGACGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCt < 1:2476050/149‑1 (MQ=25) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGCTCAAATTTTGACGAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATTCt > 1:2476094/1‑149 (MQ=38) cTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTTCAGTTTAGGTGGCGGAAATTTTTAAGAGTAAGAATTCTACAATTATAATTACTAGGc > 2:2476223/1‑149 (MQ=21) cTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:2476049/94‑1 (MQ=255) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt > 1:2476325/1‑149 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 1:2476328/1‑66 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGTGGCAAAATTTGACTAGAAAGGATTCGACAATTAAGATTTCTAGGAGGAGGGACTTTTTTAg > 2:2476073/1‑149 (MQ=21) ccATGAATTCAGGTGGGTAAAAAGATGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGcc < 2:2476052/149‑1 (MQ=255) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACGTTAAGGTGTCTCAAAATTAGACGAGAAAGAATTCTAAAATTATGATTTATAGGCGACGTGATttttattgact > 2:2476291/1‑142 (MQ=16) aTGAATTCAGGGGGCACAAAAGTAGCCGTTAGGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTc < 2:2476054/149‑1 (MQ=37) aGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 1:2476331/1‑52 (MQ=255) ggcggctCAAAAGCAGCCCGTATTGGTGGGTAAAAAGGAGCCGTTACGGTGGGGCAAACGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcggt < 2:2476062/143‑1 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGGCGCCCTTAGCGGTGGGTCAAAAGCAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcggt < 1:2476055/149‑1 (MQ=38) tgtataaaGTAGGCTTTACTGGTGGGTAAATAGTTGCCGTTTAGTTGGGTAAAATGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATa < 2:2476066/144‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:2476272/1‑40 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:2476059/1‑42 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTGAAAATTTGCCGATAAGGTGTCTCAAAATTTGACGAGAAAAAATTGTAAAATTAAGAATTATAGGCGACGGGAGTTTTATAGACTAACGGACGGTAAt > 2:2476282/1‑146 (MQ=16) cAAAAGCTGCCCTTACGGGTGGGTCTAATGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagag < 2:2476057/149‑1 (MQ=38) aataGTTGGCCTTCGTGGGGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 2:2476072/146‑1 (MQ=38) aaaaGTTGCCGTTCGTTTGGTGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 1:2476058/149‑1 (MQ=38) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg > 1:2476217/1‑55 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAATTTGCCGAGTAAGAATTCTAATATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGACTATCGGGCGGTCATagagag > 2:2476262/1‑149 (MQ=37) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCGACTATTAAGAATTCTAGGAGACGGGAGTTTTTTAGCCTCACTGTCGGTCATagagag > 2:3716298/1‑149 (MQ=38) aaaGTAGGCCTTCGTGGGGGGTAAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag < 2:2476077/149‑1 (MQ=38) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTc < 2:2476059/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGCATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTAGTACATAGCGAGTCg > 2:3091399/1‑149 (MQ=37) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt > 1:2476211/1‑37 (MQ=255) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAGAGGTTGCCGCGGAAGCGGTCGGCTATTGAGAATTCTCGGCGACGGGAGTGTTGTAGCCTCCCGCGCGGTCATAGGGAGTCGc > 2:2476231/1‑149 (MQ=21) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAAGTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTAAGACTCCCGGGCGGTCATAGAGAGTCGc > 2:2476230/1‑149 (MQ=37) ggctttACTGGTGGGTAATTTGTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAATCTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt < 2:2476096/145‑1 (MQ=255) gCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 1:2476289/1‑42 (MQ=255) gCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTGCAATTAAGAATACTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 2:2476268/1‑149 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg > 1:2476295/1‑145 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa > 1:2476300/1‑149 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAACGTGGTTCAAAAGTTTAAGAGTAAGAATTCTAGAATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCATAACGGGCGGTCATAGAGAGTctgcta > 2:2476152/1‑144 (MQ=25) cGTTACTGGTGGGTCAAAAGATGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 2:2476060/149‑1 (MQ=255) tttttgttggGTCACTAGTTGCCTTTAATGTGGGTCAAATGTTGCGGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 1:2476074/142‑1 (MQ=38) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGccgcact > 1:3104495/1‑144 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTCGGACAAAATTTGCAGAGTAAGAATTCTAGAATTAAGAATACTAGGCGACGGGACTTTTTTAGAATCACGGAGGGTCATAGAGAGTCGCCTAGCGt > 2:2476241/1‑149 (MQ=25) ttgtggGTAAAAATTTGCCTTTATTGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaa < 2:2476108/147‑1 (MQ=38) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa > 1:2476232/1‑149 (MQ=255) gggTAATAAGCTGCCTTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag < 2:2476099/149‑1 (MQ=39) aaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCGAAAGTTGCAGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGGCGGTGATAGAGAGTCGCCTAGAGTGAAAAAgaagaa > 2:2476253/1‑149 (MQ=38) aaaaGATGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa < 1:2476073/149‑1 (MQ=255) atgTTGCCTTTTATGTGGGTAAAATGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt < 2:2476109/147‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt < 2:2476078/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACTGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt > 1:2476286/1‑149 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAttt > 1:2476323/1‑149 (MQ=255) gCCTTTTAGTTGGGTTAAAAGTAGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTc < 2:2476113/149‑1 (MQ=255) gCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAtt > 1:2476079/1‑75 (MQ=255) gCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAttt > 1:2476276/1‑148 (MQ=255) ccGTTTAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcg < 2:2476080/149‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgc > 2:2476246/1‑149 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 2:2476259/1‑149 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 2:2476264/1‑149 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 1:2476294/1‑149 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 2:2476359/1‑149 (MQ=255) | GGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > U00096/2560849‑2561144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |