| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | U00096 | 780554 = | 216 (0.970) | 71 (0.320) +G |
10/290 | 25.2 | 34.6% | noncoding (1/76 nt) | lysT | tRNA‑Lys |
| ? | U00096 | = 2521129 | 54 (0.240) | intergenic (+3/‑44) | valX/valY | tRNA‑Val/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
CGATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < U00096/780633‑780554‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTGGGTGATGA < U00096/2521129‑2520994 | actTTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGAGACCAATTTATTAAAATTCAACTGCTCTACCTACTTTTCTAACGACCCTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGG < 2:1895105/131‑1 ccTTGGGGGGGCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTTAACGTCACCTGCTCTCCCCACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAG < 2:1895111/147‑1 ATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC < 2:1895161/149‑1 TTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACAGACGACACCCTCCTGGTAAGGGAGGTGCTCTACCAGCTG > 2:1895087/1‑145 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 1:1895209/149‑1 tgtggCGTGCAGGATTCGAACCTGAGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTAACTACTGAGCTAACGACCCTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 2:1895150/144‑1 TGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 1:1895160/149‑1 GGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 2:1895189/149‑1 ggCGTGCAGGAGTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGAGCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC < 2:1895203/147‑1 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC < 1:1895156/149‑1 TCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:1895281/149‑1 CGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCA < 1:1895261/149‑1 CGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCA < 2:1895298/149‑1 GTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCAC < 1:1895260/149‑1 GCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTT > 1:1895061/1‑149 CAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTC < 2:1895184/149‑1 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCT > 2:1895045/1‑149 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGC > 1:1895102/1‑120 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTG > 2:1895046/1‑69 GGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAG > 1:1895108/1‑115 GATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGA > 1:1895120/1‑95 ATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGCAACGCCGACCCACTCCTGGTAAGGGAGGTGATCTCCCAGCTGATCTAATCACCCACTTCTAAA > 1:1895057/1‑149 ATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAA > 2:1895056/1‑149 TTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCAC > 1:1895065/1‑141 TTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC > 1:1895078/1‑138 tACCTTCGACCAATTGATTTTAATTCAACTGCTATAAATACTTAGATAACGACACTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCA < 2:1895051/142‑1 AACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGG > 2:1895054/1‑76 ACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTC > 1:1895051/1‑139 cttCGACCAATTGATTTAAATTCACCTTCTTTAACTAATGAGCGAACGACACTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGC < 2:1895098/146‑1 cttCGAACAATTGTTTATAATTCAACTGCTCTACCTACTGTGCTAACGACCGTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGC < 2:1895078/146‑1 CTGCGACCACTTGATTAAAATTCAACTGATATACCCACTTAGCTATCGTCCCAAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGC < 2:1895198/149‑1 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAA > 1:1895129/1‑75 ACCAATAGTTTAAAATTCAACTGCTTTACCAACTTATCTAACGACCGTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTC < 2:1895082/140‑1 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA > 1:1895082/1‑120 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGA > 2:1895069/1‑80 CAATTGATTAAAAGTCAACTTCTCTACCAACTGAGAGAACGACACTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTAC < 2:1895062/145‑1 AATTTATTCAACGTCAACTTCTCTACCCAAAGAGCTAACGACCGCAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGATGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCACTTTCTTGCTACACGGC < 2:1895124/149‑1 AATTTATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGATCTAACGACCCTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC < 2:1895084/115‑1 AATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTT > 1:1895062/1‑128 AATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACT < 1:1895214/127‑1 AATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG > 1:581718/1‑45 ATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTA > 1:1895084/1‑116 ATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCT < 2:1895096/103‑1 ATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCT > 1:1895096/1‑103 TTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTA > 1:1895114/1‑89 TTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG > 1:581716/1‑43 GATTTAACGTCAACTGATCTACCTACTTATCTAACGAGCGTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACT < 2:1895063/123‑1 ATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTT > 1:1895063/1‑123 AAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:1895071/116‑1 AAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:1895071/1‑116 AAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGG > 1:1895113/1‑84 CAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGG > 1:3374914/1‑81 AACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGCCCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTC > 1:1895060/1‑114 AACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGG < 1:1895104/83‑1 AACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGG > 2:1895104/1‑83 AACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGAC > 2:1895086/1‑64 ACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:1895077/1‑108 TGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 1:1895081/1‑102 CTACCTACTGAGCTATGGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAA < 2:1895048/140‑1 TACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTC > 1:1895048/1‑106 CCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:1895075/1‑99 CCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATC > 1:1895133/1‑43 CAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCC > 2:1895107/1‑50 AACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGCCCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCA > 1:1895092/1‑81 CTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCA > 1:1895093/1‑79 tttGCTAACGACCCTAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA < 2:1895109/63‑1 GAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGG > 1:1895106/1‑67 GAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAG > 1:1895109/1‑66 GAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGAT > 1:1895136/1‑36 AGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGACGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTGGGTGATGA < 2:1895081/149‑1 AACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTC > 1:1895053/1‑93 CCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCT > 2:1895083/1‑75 CCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCT < 1:1895083/75‑1 | CGATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < U00096/780633‑780554‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTGGGTGATGA < U00096/2521129‑2520994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |