| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | U00096 | 781369 = | 137 (0.500) | 43 (0.160) +GAG |
9/286 | 31.9 | 30.2% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | U00096 | = 2521006 | 66 (0.240) | noncoding (76/76 nt) | valU | tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < U00096/781479‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTC < U00096/2521006‑2520863 |||| TCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCC > 2:717097/1‑149 CCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCC‑ATCGGTGGGTGATGAAAGGATATAACCGCCGAGCCACT > 2:717108/1‑149 TCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAG > 2:716927/1‑149 CAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTG > 1:716921/1‑149 CACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCC < 2:716921/149‑1 TAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGA < 2:717110/149‑1 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTT < 1:717097/123‑1 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGG < 1:717101/89‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 1:716990/149‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA > 1:716898/1‑149 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCC < 1:716927/138‑1 TGGTGGGGCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 2:717014/149‑1 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:716970/149‑1 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 2:716897/1‑149 TGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTAAAATGCTCTACCAACTGAGCTACCGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGGGGTGCTCTCCAAGCTGAGCTAATCA > 2:716895/1‑149 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:716903/149‑1 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:716986/149‑1 TCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGGGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCC < 1:717094/100‑1 TGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:716982/145‑1 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGG < 1:716953/73‑1 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGG > 2:716953/1‑73 CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGAT > 2:716939/1‑79 CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGAT < 1:716939/79‑1 ctACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGA < 1:717102/63‑1 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:716901/122‑1 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AG > 2:717057/1‑51 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AG < 1:717057/51‑1 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGT < 2:717098/53‑1 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGT > 1:717098/1‑53 CAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG > 1:716960/1‑46 AATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGA < 1:717095/60‑1 TTGATTAAAAGTCAACTGCTCTAGCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGG < 1:717034/51‑1 TTAAAAGTCTACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGA < 2:717103/63‑1 TTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTG < 1:717109/82‑1 CAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGAT < 2:717111/52‑1 TGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA < 2:717096/77‑1 TACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGG > 1:716925/1‑70 ACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCTCAGGGTCGACTCGCATTAAAAGGATAGTTAAAAATGATTCAACGCA > 2:2325023/1‑149 ACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGC > 2:716926/1‑46 GAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA < 2:717107/64‑1 GAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCG > 2:716933/1‑42 AACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGAC > 2:716932/1‑42 gcgagaaAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATT < 2:2324902/142‑1 agaacGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCCCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGTAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTT < 1:2324834/144‑1 agaaAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTT < 2:2324908/145‑1 CCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC > 2:716899/1‑72 CCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC < 1:716899/72‑1 gaacGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTC < 1:2324941/145‑1 CG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 2:716896/76‑1 CG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 1:716896/1‑76 AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 1:2325029/72‑1 AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGG < 1:2325118/49‑1 AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGG < 1:2325120/48‑1 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:2324933/1‑77 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:2325028/72‑1 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGC > 2:2325041/1‑63 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAG < 1:2325043/62‑1 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAG < 1:716926/46‑1 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAA < 1:2325080/45‑1 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTG < 1:716932/42‑1 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTG < 1:716933/42‑1 |||| TCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < U00096/781479‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTC < U00096/2521006‑2520863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |