| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | U00096 | 781369 = | 137 (0.500) | 56 (0.210) +G |
18/290 | 26.5 | 35.0% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | U00096 | = 2521128 | 72 (0.260) | intergenic (+2/‑45) | valX/valY | tRNA‑Val/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < U00096/781479‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTG < U00096/2521128‑2521005 ||| TCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCC > 2:717097/1‑149 CCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑C‑ATCGGTGGGTGATGAAAGGATATAACCGCCGAGCCACT > 2:717108/1‑149 TCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAG > 2:716927/1‑149 CAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTG > 1:716921/1‑149 CACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCC < 2:716921/149‑1 TAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGA < 2:717110/149‑1 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTT < 1:717097/123‑1 AAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGG < 1:717101/89‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA > 1:716898/1‑149 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 1:716990/149‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCC < 1:716927/138‑1 TGGTGGGGCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 2:717014/149‑1 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:716970/149‑1 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 2:716897/1‑149 TGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTAAAATGCTCTACCAACTGAGCTACCGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGGGGTGCTCTCCAAGCTGAGCTAATCA > 2:716895/1‑149 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:716903/149‑1 GTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:716986/149‑1 TCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGGGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCC < 1:717094/100‑1 TGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:716982/145‑1 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGG > 2:716953/1‑73 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGG < 1:716953/73‑1 CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGAT < 1:716939/79‑1 CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGAT > 2:716939/1‑79 AACCTCCGACCAATTGATTTAACGTCAACTGCTCTACCCACTGAGCTAACGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATT < 2:2325036/146‑1 CCTGCGACCAATTGATTTAAAGTCAACTTCTCTACATACTGAGCTAACGAGCG‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTG < 2:2325079/149‑1 cttCGACCAAATGTCTAAAAGTCACCTGCTCTACCCACTGAGCTAACGACCCTA‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGC < 2:2325045/146‑1 ctACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGA < 1:717102/63‑1 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:716901/122‑1 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AG > 2:717057/1‑51 GACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AG < 1:717057/51‑1 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGT < 2:717098/53‑1 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGT > 1:717098/1‑53 CAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G > 1:716960/1‑46 AATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGA < 1:717095/60‑1 TTGATTAAAAGTCAACTGCTCTAGCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGG < 1:717034/51‑1 tttctAAGTCAACTGCTCTACCTAATTAGCTCACGCCCC‑GAAGTGGTGTGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGA < 2:2325127/144‑1 TTAAAAGTCTACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGA < 2:717103/63‑1 TTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTTAGCTATCGACCCTA‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGA < 2:2325049/146‑1 TTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTG < 1:717109/82‑1 TCACCTGCTCTACCTAATGTGCTATCGCCCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAA < 2:2324992/149‑1 TCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTAAAACTCGGAGAATACATAA > 2:2324986/1‑149 CAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGAT < 2:717111/52‑1 AACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAAATTCAAGATACACGGAGGAGACTACATAAAa > 2:2324996/1‑148 TGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAAGTTCATGCTTCACCGCGGAGACTACATAACGTAG > 2:2324997/1‑149 TGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA < 2:717096/77‑1 CTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTT < 2:2325105/149‑1 taTACCAACTGATATAAGGACCCTA‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTG < 2:2324987/147‑1 TACCAACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGG > 1:716925/1‑70 AACTGAGCTAACGACCC‑GAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAAATTCTAGCTAAACGACGGAtaa > 2:2324988/1‑125 ACTGAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGC > 2:716926/1‑46 GAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA < 2:717107/64‑1 GAGCTAACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCG > 2:716933/1‑42 AACGACCC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGAC > 2:716932/1‑42 CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC > 2:716899/1‑72 CC‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC < 1:716899/72‑1 C‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 2:716896/76‑1 C‑G‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 1:716896/1‑76 ||| TCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < U00096/781479‑781369‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTG < U00096/2521128‑2521005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |