| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | U00096 | 3,945,819 | 0 | G | A | 20.0% | 110.3 / 10.1 | 50 | noncoding (2116/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/25); new base A (10/0); total (25/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCC > U00096/3945759‑3945967 | ggAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTgg < 2:2892499/149‑1 (MQ=31)ggAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTgg < 2:2892498/149‑1 (MQ=31) gAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTgg < 1:2892500/148‑1 (MQ=31) gAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGAAAACGTTGGACGCATTAAAATTAAAAAAAAAATCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGa > 2:2892560/1‑149 (MQ=11) 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aaCCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATcc < 1:2892505/146‑1 (MQ=34) aCCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGt < 2:2892506/149‑1 (MQ=34) ccTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGtt < 1:2892508/149‑1 (MQ=34) ccTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGtt < 2:2892507/149‑1 (MQ=34) ttACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGAAAACGTTGGACGCATTAAAATTAAAAAAAAACTCTGCATGGAGCCGACCTAGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCg > 2:2892563/1‑149 (MQ=11) 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tataGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGAAAACGTTGGACGCATTCAATTGTGAACACCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACa > 2:2892579/1‑149 (MQ=11) tataGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGAAAACGTTGGACGCATTAAAATTAAAAAACCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACa > 2:2892577/1‑149 (MQ=11) ataGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGAAAACGTTGGACGCATTTAAATTTAAACTACAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAg > 2:2892574/1‑149 (MQ=11) taGCTTGACACTGTACTTTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGAGGCCAGTCGGCATGGAGCCGACCTTGAAATACGTCCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAgt < 1:2892511/149‑1 (MQ=11) taGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTATGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCCCCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAg > 1:2892559/1‑148 (MQ=21) 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aGGATAGGGGGGAGGCTTTGAAGTGGGGACGCCAGGCGGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGAGCCGGGTTGCGGACAGTGGCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGtctc < 1:2892525/147‑1 (MQ=11) gATAGGTGGGTGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGGATGGAGCCTACCTTGAAATACCACTCTTTAATGTTTGTTGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGTCAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCtcctcc < 2:2892526/149‑1 (MQ=11) | GGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCC > U00096/3945759‑3945967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |