Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | AP012306 | 341,377 | 0 | T | G | 30.0% | 180.3 / 30.5 | 111 | G60G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidin e deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/60); new base G (33/0); total (51/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGT‑CACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGC > AP012306/341230‑341525 | aaGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGaa > 1:2777929/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaaaa < 2:1977864/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCAACGAGGACGTTTTTCCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGaaaaa < 2:754706/150‑1 (MQ=255) tGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGaaaaaa > 2:2764367/1‑149 (MQ=255) ggCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGgaaaaaa > 1:3584399/1‑148 (MQ=255) gcgcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGgaaaaaac > 2:3728845/1‑147 (MQ=255) cgcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGGGTATGGC‑GGGGGGAAAAgagg > 2:3437270/1‑147 (MQ=255) cgcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGGAAAAGCCa > 1:2167170/1‑150 (MQ=255) 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aaCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGAAAAACCCAAAGG‑GCGGCCGCCCCTGT‑CACACTCGaa > 2:247544/1‑150 (MQ=255) aCCCGAATGTGGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTGGGTGAAGTTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGT‑CACACTCGAAc < 1:3449002/150‑1 (MQ=255) ccGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAACCCAAAGGGCGACCCCCCATTT‑CACACTCCAAccc > 1:3971455/1‑150 (MQ=255) cGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTGGGTGAAGGTTCCCCCCAGCGTGCGGGTGACCCATATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTAGGGG‑GGGTGAAAAAGCAAAAGGGGGGCCCGCCTATGT‑CACACTCGAACCCt < 2:1714502/150‑1 (MQ=255) cGAATGCCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTCCGGGTGACCCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAGGGGCGACCGCCTATGT‑CACACTCGAACCCt < 2:2416525/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |