Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | AP012306 | 2,791,735 | +A | intergenic (‑113/‑235) | metY ← / → argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 2,791,734 | 1 | . | A | 98.7% | 1564.8 / 8.3 | 396 | intergenic (‑112/‑236) | metY/argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base A (190/201); total (192/204) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 |
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
TTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGCCTGAAACGTGGCAAATTCTACTCGTTTTGGGTAAAAAATGCAAATACTGCTGGGATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCAC‑ATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGAT > AP012306/2791584‑2791878 | tATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGCCTGAAACGTGGCAAATTCTACTCGTTTTGGGTAAAAAATGCAAATCCTGCTGGGATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCcac < 2:555470/150‑1 (MQ=255) tATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGCCTGAAACGTGGCAAATTCTACTCGTTTTGGGTAAAAAATGCAAATACTGCTGGGATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCcac > 2:2201087/1‑150 (MQ=255) gAGCCAGACGAGCTACCAGGCTGCTCCCCCCCGCGCCTGAAACGTGGCAAATGCTACTCGTTTGGGGTAAAAAATGAAAATACTGCTGGGATTTGGTGTCCCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCcac‑aat < 2:1675075/150‑3 (MQ=255) 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tataGTGATCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtc < 1:1875445/150‑1 (MQ=255) ataGTGATCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtct < 1:2683305/150‑1 (MQ=255) ataGTGATCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtct > 2:3274228/1‑150 (MQ=255) taGTGATCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtctc > 1:3939709/1‑150 (MQ=255) taGTGATCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGtctc > 2:1545492/1‑150 (MQ=255) gTGATCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCg > 2:1129662/1‑150 (MQ=255) gTGATCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCg > 1:242418/1‑150 (MQ=255) tCCACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATaa < 1:319223/150‑1 (MQ=255) ccACGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATaaa > 2:1884023/1‑150 (MQ=255) cGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAga > 1:3248734/1‑150 (MQ=255) cGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAga > 1:1534253/1‑150 (MQ=255) cGCCACAATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAga < 2:835458/150‑1 (MQ=255) | TTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGCCTGAAACGTGGCAAATTCTACTCGTTTTGGGTAAAAAATGCAAATACTGCTGGGATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCAC‑ATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGAT > AP012306/2791584‑2791878 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |