| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 3,324,433 | 0 | T | A | 22.9% | 518.3 / 79.2 | 205 | intergenic (+2/+52) | yieF/yieG | chromate reductase, Class I, flavoprotein/predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (129/29); new base A (0/47); total (129/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-26 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTCA > AP012306/3324284‑3324582 | ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat < 1:966139/150‑1 (MQ=255)ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat > 1:3938526/1‑150 (MQ=255)ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat < 1:1390383/150‑1 (MQ=255) gTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaata < 1:416524/150‑1 (MQ=255) gTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaata > 1:3417413/1‑150 (MQ=255) gTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaata < 1:2438777/150‑1 (MQ=255) gatgaACAAGACGGAATTTATGGGCTGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaataaa < 2:1610342/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAcc < 2:1693648/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAcc > 2:2883325/1‑150 (MQ=255) aGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGc < 1:1081549/150‑1 (MQ=255) ccGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCa < 1:3134872/150‑1 (MQ=255) ccGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCa > 2:861383/1‑150 (MQ=255) cGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAg < 1:2828833/150‑1 (MQ=255) ggAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGc > 2:650620/1‑150 (MQ=255) aaTTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCaa > 2:3264722/1‑150 (MQ=255) ttATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATca > 1:1496116/1‑150 (MQ=255) cgTGATTCACAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCgg > 2:2035463/1‑150 (MQ=255) gTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCggg > 2:3562703/1‑150 (MQ=255) tGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGt > 1:253173/1‑150 (MQ=255) gATTCAGAAAAAAGTTGATCCGAAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGtt < 1:3386179/150‑1 (MQ=255) aTTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGttt > 1:1902820/1‑150 (MQ=255) ttCAGAAAAAAGTTGATCCGAAAACCGGAGAAGTGTTTGATCAGGGTACGCGGGACCCCCTGACCGGGAAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGGGAGTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGtttt < 2:373961/150‑1 (MQ=255) cAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTa > 2:3375724/1‑150 (MQ=255) aCAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAAcgc > 1:1342500/1‑150 (MQ=255) cAAAGTTGATCCGCAACCCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACGGGGCAATTGACCGCATTTGGTGATTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAAcgcg < 1:603627/150‑1 (MQ=255) aGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTa > 2:1297244/1‑150 (MQ=255) gTTGATCCGCAAACGGGAGAAGTGATTGATCGGGGTACGCTGGACCACCTGACGGGGCAATTGCCCGCTTTTGGTGATTTTATTCAGGGAGTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTAt < 2:2389344/150‑1 (MQ=255) tGACCCGAAAACCGGAAAAGGGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCGGACGGGGAAATTGCCCGCTTTTGGTGAGTTTATTCGGGGAGTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCg < 2:2220781/150‑1 (MQ=255) gATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGa > 1:749933/1‑150 (MQ=255) cgaaaaCCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCTTTTGGGGATTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGAtttt < 2:43634/147‑1 (MQ=255) caaccgggAGAAGTTATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACGGGGAAATTGCCCGTATTTGGTGATTTTATTCAGGGATTTAAGATTTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAg < 2:1064526/144‑1 (MQ=255) aaaCCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGt > 1:63557/1‑150 (MQ=255) aaCCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTg > 2:2724449/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |