New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | AP012306 | 997993 = | 275 (0.950) | coding (537/1305 nt) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase | |||||
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Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTC > AP012306/997348‑997645 | tcAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggg > 2:926362/1‑149 (MQ=255) aaTAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggtgg < 2:4096109/150‑1 (MQ=255) aaTAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggtgg > 1:2701582/1‑150 (MQ=255) 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ggTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTc < 2:4159065/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTc > 1:3636631/1‑150 (MQ=255) | GTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTC > AP012306/997348‑997645 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |