| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP012306 | 644102 = | 511 (1.670) | 25 (0.080) +GG |
8/294 | 20.8 | 5.7% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | AP012306 | = 2073420 | 331 (1.080) | noncoding (76/76 nt) | valU | tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644248‑644102‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTCGT < AP012306/2073420‑2073275 |||| CGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑Ga > 2:2701536/1‑149 TCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTAACCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑Gacg > 2:70035/1‑147 GCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑Gacggggg > 2:2819155/1‑143 CACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GAGGGGGGTGATGACGAGGTCGAATCGCCGACCCCCTCCTTGa > 2:82932/1‑149 tCCACGTTAAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTCCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGCCCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCC < 2:3864913/149‑1 gttaAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTG < 1:3121262/146‑1 gaTTAAATGTGGGGGGTCGTGCAGTATGCGATCCTGCGCCAAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCT < 1:630321/148‑1 ttaAAAT‑TGGGGGGTGGTGCAGGATTCGACCCTGCGACAATTTGATAAAAAGTCAACTGCTCTACCACCTGAGCTAACGCCCGG‑‑GTGGTGGGTGATGAGGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGA < 2:959256/147‑1 TTACAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACG > 2:1204592/1‑99 acAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACG > 2:212114/3‑97 cAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCG > 2:1725936/2‑102 AT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 2:3248775/150‑1 AT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGGGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGGCCCCCTCCTTGTAAGGGAGGAGCTCTCCCCGCTTAGCTca > 2:2444141/1‑148 AT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGGGGGTGATGACGGGATC > 2:1092936/1‑100 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTTATGACGGGATCGAACCGCCGCCCCCCTCCTTGTAAGGGAAGAGTTCTGCCTGCTGAGCTAATC > 2:1921302/1‑150 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 1:199306/1‑150 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 1:644428/1‑150 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 1:2598727/1‑150 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTAAACTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 2:625799/150‑1 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA > 1:2079681/1‑150 ggttgGTGCAGGATTGGAACCTGGGACCAATTGATAAAAGGACAACTGCTCTCCCACCGGAGCTACCGCCCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:1699743/145‑1 GGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTCCCACCTGAGCTAACGCCCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:1344917/150‑1 GGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:1198561/150‑1 GGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:254372/1‑150 GCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTG > 1:3009439/1‑108 GCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTG < 2:3009439/108‑1 GATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG > 2:3990736/1‑41 GATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG < 1:3990736/41‑1 AAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCTCTGTGAGTTGTCGCTTTATAGGGAAAGTTCAA > 2:4124408/1‑150 AACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCTCCGTGAGTAGTCGCTTTATCGGGAGAGTTCAAAATCAG > 2:1442992/1‑150 atggaG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTT < 2:3452566/145‑1 aaaGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTCGT > 2:2198466/4‑150 |||| CGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAAT‑TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644248‑644102‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTCGT < AP012306/2073420‑2073275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |