| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 2,376,612 | 0 | T | G | 23.3% | 544.9 / 26.8 | 206 | V326G (GTA→GGA) | ygbN | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/102); new base G (48/0); total (104/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CCAATGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACAA > AP012306/2376464‑2376761 | ccAATGGTAGCTCTACTGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTa < 2:3422188/150‑1 (MQ=255) aaTGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGAtt > 1:454653/1‑150 (MQ=255) aTGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 2:4122462/150‑1 (MQ=255) aTGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:1079127/150‑1 (MQ=255) tGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTg > 2:2607328/1‑150 (MQ=255) tGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGGGATTTTTGTTACTGGGGCTGGGGGGGGATTTg > 2:3341616/1‑150 (MQ=255) tAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCa < 1:2037793/150‑1 (MQ=255) aGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAAGGGTTTTTGTTACTAGTGCTGGGAGGGGATTTGGGaa > 1:3521751/1‑150 (MQ=255) ctctAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGAGCTTTTTGTTTCTGGGGGTGGGGGGGGATTTGGCgaac > 2:3979907/1‑149 (MQ=255) ctctAATGATTACGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACTCCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGGGATTTTGGGTAATGGGGGTGGAGGGGGATTTGGCAAAg > 2:3490060/1‑150 (MQ=255) ctAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTg < 2:160899/150‑1 (MQ=255) ctAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTg < 1:1311282/150‑1 (MQ=255) ctAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTAGTTTCTGGGGCTGGGGGGGGATTTGGTAAAggg > 1:1270005/1‑148 (MQ=255) tAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGc < 2:2722099/150‑1 (MQ=255) aTGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTTGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTGGCAAAGTGCtg > 1:92809/1‑150 (MQ=255) tGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCtgg < 2:1760059/150‑1 (MQ=255) gATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGAGGTTTTTGTTTCTGGGGTTGGGAGGGGATTTTGCAAAGTggcggt > 1:1757250/1‑145 (MQ=255) aTTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCtggtg < 1:2778123/150‑1 (MQ=255) aTTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTGGCAAAGTGCtggtg > 1:2420728/1‑150 (MQ=255) ttGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCtggtgg < 1:1934374/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGGTACTGGGGCTGGAGGGGGATTTTGCAAAGAGCtgggggg > 2:904731/1‑149 (MQ=255) cTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCg < 1:3567709/150‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGGGGGGGATTTTGCAAAGTGGTGGTGGAATCgg > 2:3667874/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCggg < 2:4010693/150‑1 (MQ=255) ttCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑aaa < 1:532023/150‑1 (MQ=255) ttCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGGGATTTTGGTTACTGGGGCTGGGGGGGGATTTTGCAAAGTGCTGGTGGGATCGGGCGGCGGC‑aaa > 2:628531/1‑150 (MQ=255) tGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTTGCAAAGTGCTGGTGGAATCCGGGGTCGGC‑AAAAcc > 1:1779615/1‑150 (MQ=255) ggTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑CAAGccc > 1:2140289/1‑150 (MQ=255) ggTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGccc > 1:3945311/1‑150 (MQ=255) gTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTTCTGGGGCTGGAGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAACCCt > 2:181744/1‑150 (MQ=255) ttATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCtt < 2:3542981/150‑1 (MQ=255) tATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTTGTTACTGGTGCTGGGGGGGTATTTGGCAAAGAGCTGGTGGAATCCGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTg > 1:662562/1‑150 (MQ=255) tGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCa < 2:246542/150‑1 (MQ=255) ggCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCaa > 1:3258501/1‑150 (MQ=255) ggCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGGATAGGTTTTGGTTGATTGTGGTGGAAGGGGATTTTGGAAAAGGCTGGTGGAAACGGGCGTCGGCAAAAGCCTTTGCCa > 2:2079835/1‑150 (MQ=255) cTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAATCCCTTGCCAACa < 2:4076337/150‑1 (MQ=255) cTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACa < 2:4010329/150‑1 (MQ=255) cTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACa > 1:3335335/1‑150 (MQ=255) 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tACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAAc > 2:2455820/1‑150 (MQ=255) aCTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAAcc < 1:963127/150‑1 (MQ=255) tGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGc > 2:2282153/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCa < 2:3146360/150‑1 (MQ=255) cTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCaa > 1:1135536/1‑150 (MQ=255) cTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCaa > 1:763891/1‑150 (MQ=255) ggggTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTg > 1:358228/1‑150 (MQ=255) ggggTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTg < 2:2047933/150‑1 (MQ=255) ggTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGAc < 2:2329525/150‑1 (MQ=255) tATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACaa > 1:4112829/1‑150 (MQ=255) tATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACaa < 1:1820664/150‑1 (MQ=255) tATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACaa > 1:1516931/1‑150 (MQ=255) | CCAATGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAATCGGGCGTCGGC‑AAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACAA > AP012306/2376464‑2376761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |