Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 3,324,433 | 0 | T | A | 24.1% | 512.0 / 85.2 | 207 | intergenic (+2/+52) | yieF/yieG | chromate reductase, Class I, flavoprotein/predicted inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (131/26); new base A (0/50); total (131/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-29 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTCA > AP012306/3324285‑3324582 | gTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaata < 1:733151/150‑1 (MQ=255) gTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaata < 2:416503/150‑1 (MQ=255) gatgaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaataaa > 1:3666268/1‑150 (MQ=255) gatgaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaataaa < 1:4074306/150‑1 (MQ=255) gaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaaaa < 1:3209226/150‑1 (MQ=255) aaCAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAc > 1:1190912/1‑150 (MQ=255) aaCAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAc < 1:3470531/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAcc < 2:3046691/150‑1 (MQ=255) cAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAccc > 2:2817624/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAccc > 1:2563078/1‑150 (MQ=255) aaGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCg < 1:3945447/150‑1 (MQ=255) aGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGc > 2:1826633/1‑150 (MQ=255) aGCCGGAAATTATGGGCGGCGCGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCTGGGGACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTCGTGAGTTCATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGc > 2:894512/1‑150 (MQ=255) ccGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGAAATTGACCGCTTTTGGTGAGTTTATTCAGGGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCa < 2:548338/150‑1 (MQ=255) cGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAg > 1:2753022/1‑150 (MQ=255) ggAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGc > 2:2288270/1‑150 (MQ=255) ggAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGc > 2:2145101/1‑150 (MQ=255) ggAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGATGATCCGCAAAACGGAGTAGAGCTTGCTCCGGGTACGCTAGACCACCTGGCCGGGCAATTGACCGTATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGc > 2:2533229/1‑150 (MQ=255) gAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCa > 1:1570840/1‑150 (MQ=255) aaTTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCaa > 1:963331/1‑150 (MQ=255) ttttggggCGGGGTGATTAAAAACAAAGTTGATCCGCAACCCGGAGAAGTGATTGATCGGGGTACGCTGGACCACCTGACGGGGCAATGGCCCGCTTTTGGTGATTTTATTCAGGGATTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATc < 2:1769021/145‑1 (MQ=255) tttATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATc > 1:1452500/1‑150 (MQ=255) ggggCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGACCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGACGGGGGTGCGCTGGACCCCCTGACCGGGAAATTGCCCGCTTTTGGTGATTTTATTCAGCGATTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATcatgc < 2:3772481/149‑1 (MQ=255) gggCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGGGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATcatgca > 2:2930661/1‑150 (MQ=255) gcgTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCg > 2:2717865/1‑150 (MQ=255) cgTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCgg > 2:1595913/1‑150 (MQ=255) gtttaaGAACAAAGTTGACCCGAAAACGGGAGAAGTGATTGATCAGGGTCCGCGGGACCCCCTGACCGGACAATTGCCCGCATTTGGTGATTTTATTCAGGGAGTAAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGtt < 2:1309895/145‑1 (MQ=255) ttaaGAAAAAAGTGGATCCGAAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCGGGACCACCTGACGGGGAAATTGACCCCTTTTGGTGATTTTATTCGGGGAGTTAAGATCTAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGtttt < 2:1832498/147‑1 (MQ=255) tCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGttttt > 2:3269574/1‑150 (MQ=255) aaGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACGGGGAAATTGACCGCTTTTGGTGATTTTATTCAGCGAGTTAAGATCAAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCt < 2:2085471/150‑1 (MQ=255) aaGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCt > 1:1260438/1‑150 (MQ=255) aaGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTTACGCGCt > 1:4150080/1‑150 (MQ=255) aGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTa > 2:2202111/1‑150 (MQ=255) tCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTATCGAtt > 1:603914/1‑150 (MQ=255) cGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGAtttt > 1:2040383/1‑150 (MQ=255) cGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTATCGAtttt > 2:2900849/1‑150 (MQ=255) gCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGTGGGACCACCTGACCGGGAAATTGACCGCTTTGGGTGAGTTTATTCAGCGATTTAAGATCTAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTa < 2:124119/150‑1 (MQ=255) aaaCCGGAGAAGTGATTGATCGGGGTACGCTGGCCCACCTGACCGGGAAATTGCCCGCTTTTGGTGAGTTTATTCAGGGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGt < 2:133605/150‑1 (MQ=255) 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cAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGa < 1:3847016/150‑1 (MQ=255) gAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAAAAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTc > 2:3453611/1‑150 (MQ=255) gAGTAAAGATCTAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTc < 1:1882938/150‑1 (MQ=255) atttAAAATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTcc < 2:1105652/148‑1 (MQ=255) gTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTTACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGGTGGTAAAGAACATCTTCAGGGTAAAAAACAGCGCAACGATGGATACGCGCGGGGTTAAATCACGCAGAccgccg > 2:1007599/1‑145 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |