New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AP012306 | = 2310287 | 469 (1.440) | 17 (0.050) | 17/298 | 12.3 | 4.6% | coding (243/345 nt) | ygaC | predicted protein |
? | AP012306 | 2316570 = | 236 (0.730) | coding (26/1065 nt) | proW | glycine betaine transporter subunit | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 471 total aligned reads displayed.
TAAAAGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAATTTTCCCC > AP012306/2310138‑2310436 | aaaaGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAAt < 2:1546013/150‑1 (MQ=255) aaGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATag < 2:3563460/150‑1 (MQ=255) aGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATaga < 1:1157448/150‑1 (MQ=255) ccTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGc < 1:1512773/150‑1 (MQ=255) aCTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGaa > 1:3022377/1‑150 (MQ=255) cttcttTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAAtt < 2:659574/150‑1 (MQ=255) cttcttTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGACCGGAAAtt > 1:693523/1‑150 (MQ=255) tcttTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGc > 2:1126944/1‑150 (MQ=255) tttCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTgg < 1:2448960/150‑1 (MQ=255) ttCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGt < 1:3520161/150‑1 (MQ=255) ttCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGt < 1:2413750/150‑1 (MQ=255) cgcgACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTaa < 1:2738043/150‑1 (MQ=255) cgcgACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTaa < 1:3253567/150‑1 (MQ=255) gcgACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAAt < 1:4336438/150‑1 (MQ=255) aCTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGAt > 1:1580582/1‑150 (MQ=255) aCTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGAt < 1:3755164/150‑1 (MQ=255) cTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATc < 2:4128039/150‑1 (MQ=255) ggCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGc < 2:132877/150‑1 (MQ=255) 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cgTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCg < 1:4155451/150‑1 (MQ=255) gTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCgg < 1:3359467/150‑1 (MQ=255) tCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGa > 1:2637185/1‑150 (MQ=255) tCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGa < 2:4190027/150‑1 (MQ=255) tttAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAg < 1:635598/150‑1 (MQ=255) 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cTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCg > 1:483205/1‑150 (MQ=255) tAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCgg < 2:4026563/150‑1 (MQ=255) aGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTAc < 2:2887917/150‑1 (MQ=255) gCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACg < 1:2458385/150‑1 (MQ=255) ccATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGt < 1:2284/150‑1 (MQ=255) aTGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTcc > 1:1907781/1‑150 (MQ=255) gggATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCTGAGCGGTACGTCCCAtt > 2:2250550/1‑150 (MQ=255) gggATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCAtt < 1:2568969/150‑1 (MQ=255) cGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCtt > 1:1870826/1‑150 (MQ=255) gTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTc > 1:3934688/1‑150 (MQ=255) aaTGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTcgc < 2:894830/150‑1 (MQ=255) aaTGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTcgc < 2:256659/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTcgcg > 1:2964788/1‑150 (MQ=255) cTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGAtt < 2:3940989/150‑1 (MQ=255) gtgtCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAAc < 1:3429762/150‑1 (MQ=255) tgtCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACa < 2:4404266/150‑1 (MQ=255) tcgctcgcCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATa > 2:3784989/1‑150 (MQ=255) tcgctcgcCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATa < 2:800563/150‑1 (MQ=255) cgcCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACAt > 2:3358688/1‑150 (MQ=255) cgcCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACAt < 2:1640549/150‑1 (MQ=255) ccTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATaa < 1:3212019/150‑1 (MQ=255) cTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAAt < 2:3690546/150‑1 (MQ=255) gCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAAttt < 2:2460907/150‑1 (MQ=255) gCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAAttt < 1:109662/150‑1 (MQ=255) tAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAATTTTc < 1:302975/150‑1 (MQ=255) aaaTAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAATTTTcc > 2:3108704/1‑150 (MQ=255) aaTAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAATTTTccc < 1:1742034/150‑1 (MQ=255) | TAAAAGCCTGACTCTTCTTTTCGCGACTGGCATCGCCAGTCGCGTCTTTAACTGGCTTCGCCAAATAAACCATTCAAATAACGTTCAAGCGCAACACGCGAACTAAAGCCATGCGGGATACCGTAATGCTCGTGTCGCTCGCCTGCTAAATAGAGCGGAAATTGCTGGTAATGATCGCAAGTTTTAATATCGGAAGCGGGTTCAGCCAGTGTCGAACTGCGTTCTTTTAATGTTGGATGAATTACCAGAGCGGTACGTCCCATTCGCGCTTCGCGATTAACATAGACATAATTTTCCCC > AP012306/2310138‑2310436 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |