| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 1,226,557 | 0 | A | G | 27.7% | 357.1 / 84.7 | 177 | G55G (GGA→GGG) | ydcU | predicted spermidine/putrescine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/104); new base G (49/0); total (73/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.93e-26 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGC > AP012306/1226409‑1226706 | gCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGAtt < 1:911766/150‑1 (MQ=255) cAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGttt > 2:1835852/1‑150 (MQ=255) cAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGAttt > 1:1312197/1‑150 (MQ=255) cAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGAttt < 1:834886/150‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGAtttt < 1:221894/150‑1 (MQ=255) aTCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTta > 1:3636040/1‑150 (MQ=255) cACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTtata > 1:1940681/1‑150 (MQ=255) cACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTtata > 1:2569986/1‑150 (MQ=255) aCCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑c < 1:120799/150‑1 (MQ=255) cTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTATA‑Ctt > 2:4092083/1‑150 (MQ=255) aCGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTTTT‑Ctttttt > 2:2317802/1‑148 (MQ=255) cGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGTGTTTTTAGCTTTTgc > 2:1390082/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTATA‑TTTTTTTCGAt > 2:3734553/1‑150 (MQ=255) aGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGAttt < 2:3462822/150‑1 (MQ=255) aGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCCCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGATTTTATt‑tttttttgagtt > 2:451065/1‑143 (MQ=255) gTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTTACCATTTCa > 1:1769851/1‑150 (MQ=255) gTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCa < 1:327278/150‑1 (MQ=255) cTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCAcc < 2:1803513/150‑1 (MQ=255) tGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCa < 2:4229042/150‑1 (MQ=255) aaGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑g < 2:1753237/150‑1 (MQ=255) aGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTTTA‑CTTTTTACGATTTTTCCATGTC‑gg > 2:1350030/1‑150 (MQ=255) ggTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGt < 1:4291081/150‑1 (MQ=255) tgtCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTaa < 2:3148179/150‑1 (MQ=255) gtCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAAc < 2:3478025/150‑1 (MQ=255) gtCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAAc < 2:2188114/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTTTA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACg > 1:3938964/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTTTT‑CTTTTTTCGGTTTTTCCCTGTC‑GGTAACGc > 2:3816249/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGc < 1:775457/150‑1 (MQ=255) ggTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTTTA‑CTTTTTACGATTTCCCCATGTT‑GGTaaacccc > 2:808077/1‑145 (MQ=255) tttCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTTTT‑ATTTTTTCGATTTTAACATTTT‑GGTTACGcccgg > 2:1046371/1‑147 (MQ=255) ttctGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTATA‑CTTTTTTCGCTTTTACCATATC‑GGGAAAACCGGGACTg > 1:2473109/1‑150 (MQ=255) ttctGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGGTTTTTA‑TTTTTTTCGATTTTACCCTGTCGGGTACCCCCGGaatt > 2:2071842/1‑148 (MQ=255) ttctGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTTTA‑CTTTTTACGATTTTACCATGTC‑GGGAACGCCGGAACTg > 1:3042407/1‑150 (MQ=255) gctttcATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTTTA‑CTTTTTTCGATTTTACCATGTC‑GGTAACGCCGGGACTGa > 2:3049265/6‑150 (MQ=255) ctGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTATA‑CTTTTTACGATTTTACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGAc > 1:2824007/1‑150 (MQ=255) cATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTTTA‑CTTTTTGCGATTTTTCCATGTC‑GGTGACCCCCGAACTGACCCTg > 1:2099920/1‑150 (MQ=255) cATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTTTA‑CTTTTTACGATTTTACCATGTC‑GGTAACGCCGGGACTGACGCTg > 2:2648512/1‑150 (MQ=255) cATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTg < 1:3820685/150‑1 (MQ=255) 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gctgTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGGTTTTATA‑CTTTTTACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGGACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCt > 1:3057735/1‑150 (MQ=255) gctgTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTTTT‑CTTTTTACCATTTCACCATGTC‑TGGAAAGCCCGAACTTACGCTTGCGCAAATCCCTGCGCt > 2:2016923/1‑150 (MQ=255) tgTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑Gt < 1:1993289/150‑1 (MQ=255) gTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑Gtt < 1:848962/150‑1 (MQ=255) ttACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAAt < 2:2923660/150‑1 (MQ=255) 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cTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGc < 1:512504/150‑1 (MQ=255) tCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCa < 2:4314303/150‑1 (MQ=255) gctgctGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGt < 2:4195933/150‑1 (MQ=255) acacTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATc < 2:3549118/150‑1 (MQ=255) acTGTTATGGCA‑GGGGTTTTATA‑CTTTTTACGATTTTACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGc > 2:2060237/1‑150 (MQ=255) acTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGGTTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGGACTGACGCTGGCGAATATCCGTGGGCT‑GTTTAATCCGGCGAAATACGACATCATTCTCCGCCCGCTGACTATGGCTGTGGGAGGCACTATCGc > 2:880725/1‑150 (MQ=255) cTGTTATGGCA‑GGGATTTTTTA‑CTTTTTACGATTTTACCATGTC‑GGTAACGCCCGGACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAAATACGACATCATTCTCCGCACGCCGACTATGGCTGTGGCAGGCACCATCGcc > 2:2437095/1‑150 (MQ=255) aTGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTTACTATCGCCAgcgc > 1:2699542/1‑150 (MQ=255) tGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGcc > 2:3234065/1‑150 (MQ=255) tGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGcc < 1:3476134/150‑1 (MQ=255) 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gATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTgg < 1:3980166/150‑1 (MQ=255) aTTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGc > 1:2988640/1‑150 (MQ=255) | TGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCA‑GGGATTTTATA‑CTTTTGACGATTTCACCATGTC‑GGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCT‑GTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGC > AP012306/1226409‑1226706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |