| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AP012306 | 454,764 | A→T | R43R (CGT→CGA) | ppiB ← | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AP012306 | 454,764 | 0 | A | T | 93.8% | 1346.0 / 52.5 | 356 | R43R (CGT→CGA) | ppiB | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/13); new base T (139/195); total (148/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
GTGCGGAGCCTGAGTACGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACACGGTGGAAAATGGTGTTGTTGTAAAAACCTTCGCGGCAGTAGTCCAGGAAGTTTTTAACTGTTTCAGGTGCTTTATCGTCAAAAGTTTTGATGACAATATCGCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGT > AP012306/454617‑454910 | cGGAGCCTGAGTACGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACTCGGTg > 2:3972371/1‑150 (MQ=255) gAGCCTGAGTTCGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACACGGTGGa < 2:2891936/150‑1 (MQ=255) cTGAGTACGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACTCGGTGGAAAAt < 2:4019235/150‑1 (MQ=255) 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aaCTCGGTGGAAAATGGTGTTGTTGTAAAAACCTTCGCGGCAGTAGTCCAGGAAGTTTTTAACTGTTTCAGGTGCTTTATCGTCAAAAGTTTTGATGACAATATCGCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGt > 1:2453381/1‑150 (MQ=255) aaCACGGTGGAAAATGGTGTTGTTGTAAAAACCTTCGCGGCAGTAGTCCAGGAAGTTTTTAACTGTTTCAGGTGCTTTATCGTCAAAAGTTTTGATGACAATATCGCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGt > 2:1544176/1‑150 (MQ=255) | GTGCGGAGCCTGAGTACGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACACGGTGGAAAATGGTGTTGTTGTAAAAACCTTCGCGGCAGTAGTCCAGGAAGTTTTTAACTGTTTCAGGTGCTTTATCGTCAAAAGTTTTGATGACAATATCGCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGT > AP012306/454617‑454910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |