New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | AP012306 | = 997497 | 329 (1.070) | 10 (0.040) | 9/268 | 9.1 | 3.2% | coding (41/1305 nt) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
? | AP012306 | 997993 = | 313 (1.140) | coding (537/1305 nt) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
GTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTC > AP012306/997348‑997645 | ttATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAAACTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGt > 2:2915089/1‑150 (MQ=255) tATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTg < 2:1785940/150‑1 (MQ=255) ttCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCt > 1:1426486/1‑150 (MQ=255) tcAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggt < 2:600127/150‑1 (MQ=255) tcAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggt > 1:1482980/1‑150 (MQ=255) aaTAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtggtgg > 1:49544/1‑150 (MQ=255) aTAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTggg > 1:3698619/1‑150 (MQ=255) aGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCtgcgggggt > 1:1435439/1‑143 (MQ=255) 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attgtgattgtCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGc > 1:3035241/1‑150 (MQ=255) ttgtgattgtCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCt < 2:281290/150‑1 (MQ=255) tgattgtCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGc > 1:366876/1‑150 (MQ=255) attgtCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCtt > 1:2282616/1‑150 (MQ=255) attgtCGGCGGCGGGGCGGGGGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGAATAAGGTGGGGCGCAAGGAAAAAGCCAAAATTACGGTGGTCGATCGTAACCACAGGCACCTGAGGGAACCGCTGCCGCAAGAAGTGGCCACTGGCACggct > 2:2621155/1‑147 (MQ=255) 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ggTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTc > 1:1360398/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTc > 1:1119588/1‑150 (MQ=255) | GTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTC > AP012306/997348‑997645 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |