Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 935,054 | 0 | G | T | 27.1% | 266.7 / 49.3 | 96 | intergenic (+24/‑1406) | putP/ycdO | proline:sodium symporter/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/58); new base T (26/0); total (38/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934905‑935203 | cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑Gtttttt > 2:267582/1‑150 (MQ=255) aGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCTGC‑GG‑Ttttgttt > 1:2690372/1‑150 (MQ=255) ttGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCt < 1:162380/150‑1 (MQ=255) ttGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCt < 1:1913936/150‑1 (MQ=255) ttGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑GTTTTTTTTGCt > 2:88295/1‑150 (MQ=255) ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTca < 1:992266/150‑1 (MQ=255) gATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTTTTTGGCTTcag > 2:689630/1‑150 (MQ=255) gATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑GTTTTTTTTGGTTctg > 2:1969222/1‑148 (MQ=255) 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gTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTCag‑cag‑c < 1:2288865/150‑1 (MQ=255) gTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTCag‑cag‑c < 2:3029378/150‑1 (MQ=255) aGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTTTTTGGCTTCag‑ccg‑ccg > 1:2900121/1‑148 (MQ=255) aGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTTGCTTCAG‑CAG‑Cgg > 1:2407092/1‑150 (MQ=255) aGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑Cgg < 1:3268883/150‑1 (MQ=255) 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tGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTTTTTGGCTTTCG‑CAG‑CGGGGGGCGCcccc > 2:327308/1‑150 (MQ=255) tGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑CTTTGTTTTGCGTCAG‑CAG‑CGGGGGGGGCTccc > 2:137571/1‑150 (MQ=255) gCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTTTTTTGCTTCAG‑CAG‑CGGGGTGCGCTcccc > 1:2639318/1‑149 (MQ=255) gCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑CTTTGTTTGGGTTCCG‑CAG‑GGCGGTGCGCccccc > 1:980729/1‑149 (MQ=255) gCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAACCTGCGGC‑GG‑GTTTTTTTGGGTTCCG‑CAG‑CGGGGTgccgccccc > 2:2684058/1‑143 (MQ=255) 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cTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGc < 2:3107989/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGAtt < 1:2927877/150‑1 (MQ=255) cggc‑gg‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCTTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGAc < 2:2050210/150‑1 (MQ=255) ggc‑gg‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACg > 1:3957854/1‑150 (MQ=255) ggc‑gg‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACg < 2:1963769/150‑1 (MQ=255) ggc‑gg‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGGTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGGACGCTTCAGCGCTTTTGACg > 2:388452/1‑150 (MQ=255) c‑gg‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcc > 2:2636425/1‑150 (MQ=255) c‑gg‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcc < 2:3493357/150‑1 (MQ=255) gg‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcca > 1:1823613/1‑150 (MQ=255) ttttGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacc > 2:1192862/1‑150 (MQ=255) ttttGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacc > 1:252663/1‑150 (MQ=255) tttgtttgGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacca < 2:1148103/150‑1 (MQ=255) tttgtttgGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacca < 1:2925323/150‑1 (MQ=255) tttgtttgGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacca > 2:3631746/1‑150 (MQ=255) tttgtttgGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacca > 2:2789181/1‑150 (MQ=255) tttgtttgGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacca < 1:1698434/150‑1 (MQ=255) gtttgGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca > 2:2943169/1‑150 (MQ=255) | GGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GG‑TTTTGTTTGGCTTCAG‑CAG‑CGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934905‑935203 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |