Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 1,226,557 | 0 | A | G | 24.5% | 462.7 / 87.2 | 204 | G55G (GGA→GGG) | ydcU | predicted spermidine/putrescine transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/135); new base G (50/0); total (69/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-32 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTG‑TTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGC > AP012306/1226409‑1226706 | gCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGAtt < 2:2438353/150‑1 (MQ=255) gCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGAtt < 1:2384243/150‑1 (MQ=255) cAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGttt > 1:3959131/1‑150 (MQ=255) cAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGAttt < 2:4006465/150‑1 (MQ=255) tCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTta‑t < 1:3079856/150‑1 (MQ=255) ccTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACt < 1:1900969/150‑1 (MQ=255) ccTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGAGTTTTT‑TACt > 1:4235097/1‑150 (MQ=255) cTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACtt < 2:1840655/150‑1 (MQ=255) cTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACtt < 2:2378535/150‑1 (MQ=255) ttCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACttt < 1:3121193/150‑1 (MQ=255) tCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACtttt < 1:1192591/150‑1 (MQ=255) cACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTT‑TAAttttt > 1:988737/1‑149 (MQ=255) aCGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGa < 1:3237869/150‑1 (MQ=255) aCGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGa < 1:231848/150‑1 (MQ=255) cGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGAc < 2:2114003/150‑1 (MQ=255) cAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTA‑TACTTTTTACGAtt > 1:2542030/1‑150 (MQ=255) aGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGAttt < 1:2722276/150‑1 (MQ=255) ggTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTc < 1:599537/150‑1 (MQ=255) tCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCAc < 1:2116436/150‑1 (MQ=255) cTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTT‑TTATTTTTACGATTTCAcc > 2:1599536/1‑150 (MQ=255) cTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCAcc < 1:3441768/150‑1 (MQ=255) gggTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTA‑TACTTTTTACGATTTCACCAt > 1:4178424/1‑150 (MQ=255) gTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGt < 1:2572912/150‑1 (MQ=255) 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ccGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTT‑TTTTTTTTTCGATTTTACCCTTTCGGTTACGc > 2:1236956/1‑150 (MQ=255) cGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTTGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTT‑TACTTTTGACGATTTCACCCTGCCGGGAAcccc > 1:1104651/1‑150 (MQ=255) cGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTT‑TTCTTTTTACGATTTTACCATGTCGGTAACGcc > 1:3671126/1‑150 (MQ=255) cGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGcc < 2:1442315/150‑1 (MQ=255) ttcttcTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGaa < 2:4128631/150‑1 (MQ=255) 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tggggctgTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTg < 1:3225631/150‑1 (MQ=255) ggggctgTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTgc < 1:173146/150‑1 (MQ=255) ggggctgTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTgc < 1:1362158/150‑1 (MQ=255) tgTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTA‑TACTTTTTACGAATTTACCAAGTCGGTAACGCCCGGACTGACGCTGGCGAATATCCGTGGGCCG‑t > 1:736581/1‑150 (MQ=255) ttttACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTG‑TTTa < 2:3597965/150‑1 (MQ=255) 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gggATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTG‑TTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCt > 1:1679210/1‑150 (MQ=255) gggATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTG‑TTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCt > 2:3296355/1‑150 (MQ=255) | TGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTA‑TACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATATCCGTGCGCTG‑TTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTATGGCTGTGGCAGTCACTATCGCCAGCGCCATTCTGGC > AP012306/1226409‑1226706 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |