| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP012306 | 644310 = | 349 (1.130) | 30 (0.100) +G |
9/296 | 26.9 | 8.6% | noncoding (1/76 nt) | lysQ | tRNA‑Lys |
| ? | AP012306 | = 2073541 | 293 (0.950) | intergenic (+1/‑46) | valX/valY | tRNA‑Val/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGAATCTTTGAGTATCGCAGATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644441‑644310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCG < AP012306/2073541‑2073395 | CGAATCTTTGAGTATCGCAGATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGTTGGGGGGTGATGATGG > 2:3238941/1‑150 CAGATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGGGGGTGATGCCGCGATCGTAACTCCGACCC > 1:643585/1‑150 CAGATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGGGGGTGATGACGGGTTCGTACCTCCGGCCa > 2:315012/1‑149 AAAATGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTAAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGT < 2:3527853/150‑1 AAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGGGGGTGATGATGGGATTGTAACTCCGGACCCCGCCTTGTA > 2:555385/1‑150 GCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGGGGGTTATGACGGGTTCGTAACTCCGACCCCCTCCTTGTAAAGGAG > 2:1397172/1‑150 ctTTTGGGGCCCTTTTTAAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGG < 2:3893294/148‑1 TTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCCGTGGGGGGTTATGATGGGATCGTAACGCCGGCCCCCTCCTTGTAAAGGAGGgg > 2:2975236/1‑148 taaaATTGGTGGGTGGTGCAGGATT‑CGAACCTCCGCCCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAG < 2:3464991/146‑1 taaaATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCGGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAG < 1:2975236/146‑1 TACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC > 2:1659942/1‑150 tgGGTGGGTCGTGAAGGATT‑CAACCCTGCGACAAATTAATAAAAAGTCACCTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGCCCGGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:1779509/148‑1 TTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:3525693/150‑1 TTGGTGGGCCGTGCAGGATT‑CGACCCTGCGACAAATTGATAAAAAGTCAACTGCTCTCCCACCTGAGCTAACGACCGGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:58777/150‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC > 1:1613542/1‑150 TGGTGGGTCGTGCAGGATC‑CGACCCGGCGACCAATTGATAAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACGGAGCTAACGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 2:3906494/150‑1 GGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA > 1:2353425/1‑150 GGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGAGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA > 1:2215522/1‑150 ggGGGTCGTGCCGGTTT‑CGAACCTGCGCCCATTTGATTAAAAGTCAACTCCTCTCCCACCTGAGCTAACGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCAC < 2:1646815/148‑1 ggGGGTCGTGC‑GGATTCCGACCCTGCGACCATTTGATTAAAAGCCAACTGCTCTCCCAACGGACCTACCGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCAC < 2:2619137/148‑1 TGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC < 1:1397172/150‑1 TGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC > 1:770509/1‑150 TGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC > 1:536405/1‑150 TGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC > 1:2845977/1‑150 GGGTCGTGCAGGATT‑GGACCCTGCGACTATTTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:3146657/150‑1 GGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTTTTTGGTGATGTTGGGATCGAACCACCGACCGCCTCCTTGTAAGGAAGTAGCTCTCCCATCTGACCTAATCGCCC > 2:194281/1‑150 GGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:3482296/150‑1 GGGTCGTGCAGAATT‑CGACCCTGCGACAAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGCCCCGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:2499743/150‑1 TGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGG < 2:1848881/43‑1 TGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGG < 2:1320977/43‑1 aaGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCG < 1:3207531/148‑1 | CGAATCTTTGAGTATCGCAGATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATT‑CGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644441‑644310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTACACGGCGGAGACTACATAAAGTAGTTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCG < AP012306/2073541‑2073395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |