Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 935,054 | 0 | G | T | 25.0% | 321.2 / 54.8 | 112 | intergenic (+24/‑1406) | putP/ycdO | proline:sodium symporter/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/75); new base T (28/0); total (37/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934906‑935203 | gCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttgt < 1:110646/150‑1 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttttt > 2:2237219/1‑150 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttgtt > 1:837693/1‑150 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGtttttt > 1:240593/1‑150 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGtttgtt > 1:1898374/1‑150 (MQ=255) aGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGtttttttt > 1:3055176/1‑150 (MQ=255) aGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttgttt < 1:364744/150‑1 (MQ=255) aGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGttttttt > 2:329819/1‑150 (MQ=255) tATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGtttttttttg > 1:3430342/1‑148 (MQ=255) tATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttgttttt > 2:3392748/1‑148 (MQ=255) gggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTc > 1:3319264/1‑150 (MQ=255) gggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTc < 1:2446609/150‑1 (MQ=255) gggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTGTTTTGGTTc > 1:3275930/1‑150 (MQ=255) ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGtttttttttggtttc > 2:328969/1‑143 (MQ=255) ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTca < 2:1684719/150‑1 (MQ=255) ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTTTTTTGCTTca > 2:195084/1‑150 (MQ=255) ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGATTTTTTTTGCTTct > 1:1685882/1‑149 (MQ=255) aTTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTTTTTTGGTTctac > 1:1560999/1‑147 (MQ=255) 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tAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTgcg < 2:2435061/150‑1 (MQ=255) aGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGTTTCCGCAGCGGGGTggg‑c > 2:1389457/1‑150 (MQ=255) gTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTTTTTTGGTTCCGCAGCggggggggcg > 2:3959786/1‑143 (MQ=255) tttGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTc < 1:473462/150‑1 (MQ=255) tttGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTc < 1:2087883/150‑1 (MQ=255) 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cgTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGGTTTTTTTTGGTTTTACCGCGGGGTTGC‑‑CTCCCCTTATGTTGCCCGCCCTATAAATTTAAAGGTGGAGGGGGGGCGCCGGGGGGGGCCCATCCCCGCCCCCCCccgcc > 2:1770695/1‑149 (MQ=255) cACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTTCGCAGCGGGGTGCG‑CTCCCCTTATGTGGCCCCCCCTATAAATTTTATGGTGGAGGGGGGGCGCCGGGGGCGGGCCAACGCCCCCGCCCCCCGCCG‑tg > 2:2859644/1‑149 (MQ=255) cGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑Tccc < 2:2736753/150‑1 (MQ=255) tGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGAGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGcc < 1:5167/150‑1 (MQ=255) gCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTCCGCAGCGGGTTGCG‑GTCCCCTAAATTGGCTCCCCCTATTAATTGAATGGTTCAGGGGGGGCGCCGGGGGCGGCCCAACGCCCCCCCCCCCCCCTG‑TCCCCGCCt > 2:3721328/1‑150 (MQ=255) aGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTTGTTCCGCAGCGGGGTGGG‑CCCCCCTTATGTTGCTCCCCCTATAAAATTAATGGGGGAGGGGGGGCGCCGGGGGGGGCCAATCACCGCCCCCCCCCCCTGTTCCCGCCCtt > 2:3073441/1‑150 (MQ=255) aGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTc < 1:3879006/150‑1 (MQ=255) gAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCgg < 1:2176261/150‑1 (MQ=255) aGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGGTTCAGCAGCGGGGTGCG‑CTCCCCTTATGTGCCCCGCCCTATAAATTTAATGGTGCAGGGGGCGCGCAGGGGGCGGCCCAACGCCCCCCCCCCCCGCTG‑TCCCCGCCCTCggggg > 2:3301799/1‑149 (MQ=255) aGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGa < 1:3149157/150‑1 (MQ=255) aGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTTTTTTGGTTCAGCAGCGGGGTGCG‑CTCCCCTTATGTGGCCCGCCCTATTAATTTAATGGGGGAGGGGGGGCGCCGGGGGGGGGCAAACGCCCCCGCCCCCCCCTG‑TTCCGGGCTTCggggg > 2:445729/1‑149 (MQ=255) aGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTTTTTTGCTTCAGCAGCGGGGTGCG‑CTCCCCTTATGTGCCTCGCCCTATAAATTGAATGGGGGAGGGGGGGCGCCGGGGGGGGCCAAACGCCGCCGCCCCCCCCTG‑TCCCCGCCCTCcgggg > 2:2069253/1‑149 (MQ=255) aaGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGGTTTCGCAGCGGGGTGGG‑CCCCCCTTATGTGCCCCCCCCCATAAATTTAATGGTGCAGGGGGGGCGCCGGGGGGGGCCCATCCCCCCCCCCCCCCGCCG‑TTCCCGCCCTCgggggaagc > 2:3937904/1‑145 (MQ=255) aGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTTTTTGGGTTCCGCAGCGGGGGGCGCCCCCCTTAAT‑TGCCCCGCCCTATAAAATGAATGGGGGAGGGGGGGCGCCCGGGGGGGCCCATAGCCCCCCCCCCCTGCCG‑TTCCCGCCCCCgggggaggca > 2:3862561/1‑144 (MQ=255) gggACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCtt < 2:897703/150‑1 (MQ=255) ggACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTc < 1:3409461/150‑1 (MQ=255) ggACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTc < 1:1276193/150‑1 (MQ=255) cTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGAtttt < 2:3215678/150‑1 (MQ=255) ggc‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACg < 1:3385252/150‑1 (MQ=255) ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcca > 2:154495/1‑150 (MQ=255) gTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccac < 1:2741649/150‑1 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca > 1:1792532/1‑150 (MQ=255) | GCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCG‑CTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTG‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934906‑935203 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |