| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AP012306 | 1,486,241 | G→A | intergenic (‑2088/‑492) | thrS ← / → yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 1,486,241 | 0 | G | A | 99.7% | 1188.1 / NA | 304 | intergenic (‑2088/‑492) | thrS/yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (156/147); minor base C (0/1); total (156/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
CAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCA > AP012306/1486095‑1486387 | aTAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCttt < 1:72425/150‑1 (MQ=255) tAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTa > 2:3642018/1‑150 (MQ=255) tAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTa > 1:32369/1‑150 (MQ=255) acaAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATa > 2:191182/1‑150 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATAc < 2:1987294/150‑1 (MQ=255) agagCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACaa > 1:1821874/1‑150 (MQ=255) gatgttttAAACAAAAAACTGGTGAAGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATCGAAAATAATCAACCTTTGGGTGTCACACGGTTCCTCTCCAAAATTAATGTTATTCCCTTTAAATGCAAg < 2:2157684/146‑1 (MQ=255) agCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTGAAATACAAGt > 1:4137875/1‑150 (MQ=255) 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ttttAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTaa < 2:3928828/150‑1 (MQ=255) ttAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTaaaa < 2:1173163/150‑1 (MQ=255) ttAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTaaaa < 2:1941682/150‑1 (MQ=255) aGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACATGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAgg < 1:1571619/150‑1 (MQ=255) cATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGc > 1:224583/1‑150 (MQ=255) 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tgtgtCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCgtg > 2:3285122/1‑150 (MQ=255) tgtCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGtt < 2:312705/150‑1 (MQ=255) gtCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTa < 2:1476467/150‑1 (MQ=255) tCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTAt < 2:1088030/150‑1 (MQ=255) cacaCGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATc > 1:609060/1‑150 (MQ=255) acacGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCt > 2:2546765/1‑150 (MQ=255) acacGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCt < 1:159966/150‑1 (MQ=255) cacGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCtt > 1:2425578/1‑150 (MQ=255) ggTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTtata < 2:1287552/150‑1 (MQ=255) gTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTtatat > 1:740359/1‑150 (MQ=255) ccTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATc < 1:2881024/150‑1 (MQ=255) tctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGa < 2:3805479/150‑1 (MQ=255) ctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGAc < 2:611974/150‑1 (MQ=255) tctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACg < 1:2539568/150‑1 (MQ=255) tctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGACATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACg > 2:4199923/1‑150 (MQ=255) ctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGc > 1:1339857/1‑150 (MQ=255) ctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGc > 2:4166898/1‑150 (MQ=255) aaaTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTgg < 2:3210658/150‑1 (MQ=255) aaTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTggg > 2:2053706/1‑150 (MQ=255) aTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGt > 1:3278002/1‑150 (MQ=255) aTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGt < 1:2123998/150‑1 (MQ=255) tAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGc > 2:3717120/1‑150 (MQ=255) | CAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCA > AP012306/1486095‑1486387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |