Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | AP012306 | 935,054 | 0 | G | T | 24.7% | 267.3 / 36.0 | 93 | intergenic (+24/‑1406) | putP/ycdO | proline:sodium symporter/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/57); new base T (23/0); total (36/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAA > AP012306/934905‑935201 | ggCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttg > 1:3265489/1‑150 (MQ=255) gCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGtttg‑t > 2:2548404/1‑150 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttg‑tt < 1:2672971/150‑1 (MQ=255) 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cACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTT‑TTT‑TGGTTCCGCA‑G‑CGGGGTGCGCT‑CCCCTAATTT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGGGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCCCCGCCCCCCGCTGT‑c > 2:2416453/1‑150 (MQ=255) ggTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTT‑TTT‑TGGTTTAACA‑G‑CGGGGTGCGCT‑CCCCTTATGT‑GCCTCCCCCTATAAATTGAA‑TGGGGCAGGGGGCGCG‑CAGGGGGGGGGCCATCCCCCCCGCCCCCCCCCGT‑cccc > 2:1345556/1‑149 (MQ=255) ggTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCg < 1:2139867/150‑1 (MQ=255) gCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTT‑TTT‑TGGTTTCGCA‑G‑CGGGGTGTGCT‑CCCTTTATGT‑GCCTCCCCCTATAAAATGAA‑TGGTGCGGGGAGGGGG‑CGTGGGGGGGCCGATCGCCCCCGCCCCCCGCCGT‑TCCGGccc > 2:3339046/1‑149 (MQ=255) gCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCt < 2:2643860/150‑1 (MQ=255) cAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTT‑TTT‑TGCTTCACCA‑G‑CGGGGTGGGCG‑CCCCTTATTT‑GCCCCGCCCTATAAATTGAA‑TGGGGCAGGGGGCGCG‑CCGGGGGGGGGCCATCGCCCCCGCCCCCCGCTGTCCCCGGCCt > 2:2174573/1‑150 (MQ=255) aGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTc < 1:969385/150‑1 (MQ=255) gggACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTT‑TTT‑TGCTTTTGCA‑G‑CGGGGTGCGCT‑CCCCTTATGT‑GCCTCCCCCTTTAAATTTAA‑TGGTGCAGGGGGGGGG‑CCGGGGGGGGCCCAACGCCGCCCCCCCCCGCTGT‑TCCCGCCCTCGGGGGACGcgt > 2:1520935/1‑148 (MQ=255) gggACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCtt < 1:2389066/150‑1 (MQ=255) ggACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTc < 1:12238/150‑1 (MQ=255) aGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑TGCTTCAGCA‑G‑CGGGGTTCGCT‑CCCCTAATGT‑GGCCCGCCCTATAAATTGAA‑TTGTGGAGGGAGGGCG‑CCGGGGGCGGCCCATCGCCGCCGCCCCCCGCTGT‑CCCCGCCTTCGGGGGACGCGTCAGCGAt > 2:18234/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGAt < 2:804309/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGAttt < 1:841574/150‑1 (MQ=255) tGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTg < 1:2819925/150‑1 (MQ=255) gcggc‑gGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGa < 1:2414531/150‑1 (MQ=255) 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tttg‑ttt‑gGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTCCTG‑‑CCCCGCCTTCCGGGGACGCTTCAGCGGTTTTGAAGCCACCaa > 1:2536431/1‑150 (MQ=38) ttg‑ttt‑gGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCaa < 1:1354284/150‑1 (MQ=255) | GGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTG‑TTT‑GGCTTCAGCA‑G‑CGGGTTGCGCT‑CCCTTAATGT‑GCCTCGCCATATAAATTGAA‑TGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAA > AP012306/934905‑935201 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |