Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 1,267,578 | 0 | T | G | 24.4% | 171.5 / 22.1 | 82 | D60A (GAC→GCC) | ddpB | D‑Ala‑D‑Ala transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/35); new base G (20/0); total (47/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GCAGCAGGGCACCAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAATATTT‑TCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCGGATCACCAGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTAATCACGCAGACGCCCGCCACCACGAGCACCAGCCCC > AP012306/1267429‑1267721 | gcagcagGGCACCAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGt < 2:2142509/150‑1 (MQ=255) agcagGGCACCAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTcc > 1:483071/1‑150 (MQ=255) cagGGCACCAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAg < 1:1969410/150‑1 (MQ=255) 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cACCAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCa < 2:2741929/150‑1 (MQ=255) aCCAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAg < 1:776008/150‑1 (MQ=255) ccAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCCGt > 1:3803099/1‑150 (MQ=255) ccAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGt < 2:1327159/150‑1 (MQ=255) cAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGtt < 2:1325101/150‑1 (MQ=255) 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ccAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAatat > 1:340773/1‑150 (MQ=255) aGCGTCGTCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAATAttt < 1:3647805/150‑1 (MQ=255) cGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGGCCAGTCCCAGTTGCT‑GGGGGATATTT‑Tc > 2:2468531/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAATATTT‑TCCa < 1:1125941/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGGCCAGTCCCAGCTGCT‑GGCGCATAttt‑ttct > 2:2969303/1‑147 (MQ=255) 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gggTCGCTGACGTAGCGGAAAAACTGTACATACGGGGGCTGGCCCAGCCCGAGTGGCT‑GGCGAATATTT‑CCCACGATAGCGTCGCGGGCGCGGCCCCCCGCCAGTAACCGCGCCGGATCACCAGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTa < 2:3594602/149‑1 (MQ=255) aGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGGCCAAGCCCAGCTGCT‑GGCGGATATTT‑TTCACCAAAAAAACGCTAGCGCGGGCACCCGCCACGAACCCCGCCCGATTACCAGGGGTCAGAAGCGGGATaaaaaaagga > 2:3538064/1‑146 (MQ=255) ggTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAATATTT‑TTCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCCGTAACCGCGCCGGATCACCCGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTaa > 2:2503894/1‑150 (MQ=255) tGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGGCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAATATTT‑TCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGGCACCCGCCCGGAACCGCGCCGGATCACCAGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTAATCACGc > 1:1561473/1‑150 (MQ=255) agtgaGCGGTAAAACTATACATACTGGGGCGGTTCCAGCCCCTTTGGGG‑GGAAAATTTTT‑CCCACGATGGCAGCGCTGGCGCGTACCCCCGCCAGTAACCGCGCCGGATCACCAGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTAATCACGCAg < 2:1545154/146‑1 (MQ=255) aCGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGGCCATCCCCAGCTGGT‑GGCGAAAATTT‑TTCACGATAGCATCGCCGGCGCGGTCACCCCCCCGTAACCGCGCCCGGACACCAGGGATCCGATGCGAGATAATAAACGAAATCACGccg > 2:3278041/1‑148 (MQ=255) cGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAATATTT‑TCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCGGATCACCAGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTAATCACGCAGa > 1:81779/1‑150 (MQ=255) cGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGGGCAGTCCCAGTTGCT‑GGGGGAAATTT‑TTCACCATAGCATCGCCGGCGCGGGCACCCCCCCGTAACCGCGCCCGGACACCAAGGGGCAGAAGCGGGATAAAAAAAGGAATCACGCaca > 2:1923145/1‑148 (MQ=255) cGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGGCCAGTCCCAGGTGCT‑GGCGGAAATTT‑TCCACCATAGCATCGCCTGCGCGGGCACCCCCCAGTAACCGCGCCGGGTCACCAGGGATCAGATGCGAGGTAAAAAAAGGAATCACCCAGa > 2:419224/1‑150 (MQ=255) aGCGGAAACACTTAACAAAGAGGGGCTGGCCCGGCCCCGGGTGCG‑GAAAAATTTTT‑TCCAGGATCGCACCGCGGGGGCGGCCCCCCGCCAGTAACCGCGCCGGATCACCAGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTAATCACGCAGAcgc < 2:478858/150‑1 (MQ=255) 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catacaGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAAAATTT‑TCCACCATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCCGTAACCCCGCCGGAACACCAAGGGTCAGATGCGAGATAATAAACGTAATCACGCAGACGCCCCCCACCCCCAGCa > 2:184136/1‑150 (MQ=255) caGTGGCTGGGCCCGTCCCAGTTTCT‑GGCGAAAAATT‑TTCACGATAGCGACTCTGGCGCGGGTCCCCGCCAGTAACCGCGCCGGATCACCAGGGGTCAGAAGCGAGATAATAAACCTAATCACGCAGACGCCCGCCACCCCCAGCGCCaa > 2:743219/1‑149 (MQ=255) | GCAGCAGGGCACCAAAAGCCAGCTCCAGCGTCGCCGGGAAAAATATACGCAACTCTTCCAGCACCGGACGCCCGGTACGAATGGATGTTCCCAGGTCACCATGAAACAGGTCGCTGACGTAGCGGTAAAACTGTACATACAGTGGCTGGTCCAGTCCCAGTTGCT‑GGCGAATATTT‑TCCACGATAGCATCGCTGGCGCGGTCACCCGCCAGTAACCGCGCCGGATCACCAGGGATCAGATGCGAGATAATAAACGTAATCACGCAGACGCCCGCCACCACGAGCACCAGCCCC > AP012306/1267429‑1267721 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |