Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 2,714,555 | 0 | T | G | 25.0% | 740.9 / 27.5 | 308 | T175P (ACC→CCC) | ygjV | conserved inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/158); new base G (77/0); total (150/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-30 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
GCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAACACGTT > AP012306/2714406‑2714703 | gCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGt < 2:725599/150‑1 (MQ=255) gTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGttt > 1:1377947/1‑150 (MQ=255) gTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGgtt > 2:1935697/1‑150 (MQ=255) tATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGtttt < 1:1613887/150‑1 (MQ=255) tATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGgttt > 2:45122/1‑150 (MQ=255) tATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGgttt > 2:2209135/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTtc > 2:1350331/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTtc > 1:3215209/1‑150 (MQ=255) tGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTtctc < 2:1218510/150‑1 (MQ=255) gCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCa < 1:1195857/150‑1 (MQ=255) cAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCaa < 1:2678982/150‑1 (MQ=255) cAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCaa < 2:3780561/150‑1 (MQ=255) cAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCaa > 2:2784640/1‑150 (MQ=255) cAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCG‑CCTGCGGAATTTATTGGTTAACCCCTTTCGGCTACGGCCGGAAGGGGTTTTTTCac > 1:1445932/1‑149 (MQ=255) aGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAAc > 1:313524/1‑150 (MQ=255) aGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAAc > 1:1968953/1‑150 (MQ=255) tctTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTTTCAACTTTaa > 2:864460/1‑150 (MQ=255) tctTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTCTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAAGGGGTTTCTCAACtttta > 2:4002231/1‑148 (MQ=255) ctTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAAGGGGTTTTTCAACTTTaaa > 2:3435794/1‑150 (MQ=255) gCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACgg < 2:3107608/150‑1 (MQ=255) cGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGa < 2:1746898/150‑1 (MQ=255) gAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAACTTTAAACGGAt > 2:2402983/1‑150 (MQ=255) gAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGCTTCTCAACTTTAAACGGAt > 1:2108014/1‑150 (MQ=255) aaaCCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATc < 2:2912827/150‑1 (MQ=255) aaaCCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATc > 2:1035412/1‑150 (MQ=255) aaaCCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATc < 2:1712096/150‑1 (MQ=255) aCCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCaa < 1:2201166/150‑1 (MQ=255) ccGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAAt < 2:2853246/150‑1 (MQ=255) gcgcTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCATGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAACTTTAAAAGGATCAATTc > 2:3473302/1‑150 (MQ=255) cgcTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTcc < 1:849153/150‑1 (MQ=255) cgcTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTcc < 2:910792/150‑1 (MQ=255) cTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTcccc < 1:3176491/150‑1 (MQ=255) cTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTcccc > 1:496055/1‑150 (MQ=255) aaCTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCctt > 2:300042/1‑150 (MQ=255) tctTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCt < 1:2891671/150‑1 (MQ=255) gTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGa > 1:2828725/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTAGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGa < 2:1264907/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGaa > 1:3098265/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGaa > 1:462923/1‑150 (MQ=255) tGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGTCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACg < 2:3592662/150‑1 (MQ=255) tGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACg < 1:1783917/150‑1 (MQ=255) gTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGa > 1:1896580/1‑150 (MQ=255) aCTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGa > 1:2767742/1‑150 (MQ=255) 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ggCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATa < 1:996936/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATaa < 1:890315/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATaa > 1:2156921/1‑150 (MQ=255) cAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAg < 2:376712/150‑1 (MQ=255) agaagaCGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGc < 2:3698744/150‑1 (MQ=255) agaagaCGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGGTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCCTTCATAAGc > 1:3961927/1‑150 (MQ=255) gaagaCGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCa > 1:2591363/1‑150 (MQ=255) agaCGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGa < 1:1225388/150‑1 (MQ=255) aCGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGaaa > 1:3649675/1‑150 (MQ=255) aCGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGaaa < 1:1322109/150‑1 (MQ=255) 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ggTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAACACGt > 2:2054145/1‑150 (MQ=255) gTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAACACGtt < 1:353958/150‑1 (MQ=255) | GCGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGG‑CGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAACACGTT > AP012306/2714406‑2714703 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |