Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 935,054 | 0 | G | T | 24.0% | 346.2 / 59.2 | 121 | intergenic (+24/‑1406) | putP/ycdO | proline:sodium symporter/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/72); new base T (29/0); total (49/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934905‑935203 | ggCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttg < 1:4089031/150‑1 (MQ=255) aGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttgttt < 1:778715/150‑1 (MQ=255) aGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGttttttt > 1:2081858/1‑150 (MQ=255) tATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACTCTTTGGCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTAGCAGGGAAGCTGAGGGACTTAGCCTGCGTC‑GGCgttgtttgc > 2:3001178/1‑149 (MQ=255) tATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTgg < 2:3852818/150‑1 (MQ=255) aTTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGCtttttttgta > 2:3989866/1‑148 (MQ=255) ttGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCt < 1:353538/150‑1 (MQ=255) ttGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCt < 1:1830823/150‑1 (MQ=255) 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gATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTtag > 1:2312219/1‑150 (MQ=255) ttGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTTGCTTcagca > 1:1754519/1‑150 (MQ=255) tGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGGTTccgctg > 2:3422602/1‑148 (MQ=255) tAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTGGCTTCCGCAGCg > 1:3880693/1‑150 (MQ=255) aGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCgg > 1:2439872/1‑150 (MQ=255) 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cggc‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGAc < 2:2588619/150‑1 (MQ=255) ggc‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACg > 1:1147553/1‑150 (MQ=255) ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcca > 1:3325643/1‑150 (MQ=255) ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcca < 2:1800904/150‑1 (MQ=255) ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcca > 2:2624866/1‑150 (MQ=255) gTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccac > 1:2364884/1‑150 (MQ=255) gTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccac < 2:2620208/150‑1 (MQ=255) ttgtttgGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCaa > 2:4021350/1‑150 (MQ=255) tgtttgGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAac > 1:3678574/1‑150 (MQ=255) tgtttgGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAac < 2:72754/150‑1 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca > 1:4224802/1‑150 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca < 1:1155307/150‑1 (MQ=255) | GGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCT‑CCCTTA‑ATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTG‑CT‑G‑TCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934905‑935203 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |