Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 3,324,433 | 0 | T | A | 24.4% | 535.3 / 92.8 | 234 | intergenic (+2/+52) | yieF/yieG | chromate reductase, Class I, flavoprotein/predicted inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (132/45); new base A (0/57); total (132/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-26 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTCA > AP012306/3324284‑3324582 | ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat < 1:3311132/150‑1 (MQ=255) ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat < 1:576936/150‑1 (MQ=255) ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat < 2:1754687/150‑1 (MQ=255) tgatgaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaataa > 2:644978/1‑150 (MQ=255) gaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaaaa < 2:3801721/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAcc < 1:302202/150‑1 (MQ=255) gCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGcc > 1:1327532/1‑150 (MQ=255) cgggAATTTAGGGGGGGGGTGATTCAGAACAAAGTGGATCCGCAAACCGG‑AGAGGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCCCCTGACCGGGAAATTGC‑CCGCTTTTGGTGATTTTATTCAGGGATTTAAGATCAAAAAAAAAAACCCGCCa < 2:4158105/148‑1 (MQ=255) cGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAg < 1:2180305/150‑1 (MQ=255) ggAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGc > 2:4123393/1‑150 (MQ=255) aTTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAAt > 1:2545842/1‑150 (MQ=255) aTTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAAt > 1:3737176/1‑150 (MQ=255) tttATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATc > 2:897433/1‑150 (MQ=255) taggggCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGACCCGCAAACGGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGAAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATcat < 2:14008/147‑1 (MQ=255) tGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATcatgc > 1:1455752/1‑150 (MQ=255) ggcgggGTGATTAAGAAAAAAGTTGACCCG‑AAACCGGAAGAGGTGTTTGATGGGGTTACGCTGCACCCCCTGACGGGGAAATTAA‑CCGTTTTGGGGGATTTTATTCGGGGATTAAAAATTAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATcatgcat < 2:2031513/150‑1 (MQ=255) gcgTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCg < 1:2159216/150‑1 (MQ=255) gTGATTCAGAACAAATTTGACCCGCAAACGGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGC‑CCGCTTTTGGTGAGTTTATTCAGGGAGTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCggg < 2:837195/150‑1 (MQ=255) 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ttGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATc > 1:3572601/1‑150 (MQ=255) tGATCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCAAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCg < 1:148258/150‑1 (MQ=255) acccGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCGGGGTACGCTGGACCCCCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCTTTTGGTGATTTTATTCAGCGAGTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGAt < 2:774767/148‑1 (MQ=255) aTCCGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACCCCCTATCGAt > 2:3569692/1‑150 (MQ=255) ccGCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGATTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGAttt < 1:2530410/150‑1 (MQ=255) gCAAACCGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTa > 2:1624273/1‑150 (MQ=255) ccGG‑GGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGCCCGGGCAATTGC‑CCGCTTTTGGTGTGTTTATTAAGGGAGTTAAGATCTAAATAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGG‑TTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGc < 2:457495/150‑1 (MQ=255) ccGG‑AGAAGTGATTGATGAGGGTACGCTGGCCCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCTTTTGGTGAGTTTATTCAGGGAGTTAAGATATAAATAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAg < 2:264911/150‑1 (MQ=255) cGG‑AGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGc > 1:2753666/1‑150 (MQ=255) gTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGA‑CCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATa > 1:3906159/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |