Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 341,377 | 0 | T | G | 27.8% | 219.1 / 19.3 | 108 | G60G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidin e deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/64); new base G (30/0); total (44/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCG > AP012306/341228‑341526 | aaaGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGa < 1:1032414/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGa < 1:3458749/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGa < 2:3371892/150‑1 (MQ=255) aaGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGaa < 1:103940/150‑1 (MQ=255) aaGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGaa < 2:1223928/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGaaa > 1:557075/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGaaaa < 1:3666039/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGaaaaa < 1:1509429/150‑1 (MQ=255) tGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAg < 1:3909518/150‑1 (MQ=255) tGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAg < 1:13649/150‑1 (MQ=255) cgcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCa < 1:2830460/150‑1 (MQ=255) gcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCaa < 2:650044/150‑1 (MQ=255) aaCGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGGGAAAACCaaaa > 2:3903653/1‑149 (MQ=255) 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gTGAACCACAGGCCGAGGTACACGGGTTGCGTAGGGCGGGTAAAAAGGCCAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTgg < 1:1861343/150‑1 (MQ=255) tGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGt < 1:3348777/150‑1 (MQ=255) acaTGCCGAATTACACGGTTCGCGTAGGGCGGGTAAAAAAGCCAAGGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTc < 1:846616/150‑1 (MQ=255) caTGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGGAAAAACCAAAAGGGCGACCGCCCATGTCACACTCGAACCCCGTAGCCATCATTGTCGTACGCCACCCTGCTGTGACGCACTCATCCCCGCCGGGGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCg > 2:3002306/1‑150 (MQ=255) tGCGGAATTACACGCGTTCGGGAGGGCGGGTGAAAAAGCAAAAGGTGCCACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGAt < 1:481492/150‑1 (MQ=255) 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gTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAAGGGGCGACCCCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGAt > 2:2193025/1‑150 (MQ=255) ccgcgTTGCGTAGGGGGGGTAAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTa < 2:3720710/149‑1 (MQ=255) cggtttGGGTATGGCGGTTGAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTaa < 1:3540119/146‑1 (MQ=255) cgcgTTGCGTATGGCGGGTGGAAAAGCCAAAAGTGCGACCGCCTCTGTCACACTCGAACCCTGTAGCCCTCATGGGCGTACGCCACCGTGCTGTGGCGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGGTGCCTCGATTCAAGATCCTaa > 2:322501/1‑150 (MQ=255) gcgTTGCGTATGGCGGGGGAAAAAACCAAAAGGGCGACCCCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCCCCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCCCTGGCGTAGCGCGCGTGGGTGCCTCGATGCAAGATCCTaaa > 2:1401868/1‑149 (MQ=255) 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cGGGTGAAAAAGCAAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTg < 1:2083662/150‑1 (MQ=255) ggTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTggg > 1:2240083/1‑150 (MQ=255) | CTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGT‑GCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCG > AP012306/341228‑341526 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |