| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 2,376,612 | 0 | T | G | 22.6% | 470.5 / 27.8 | 186 | V326G (GTA→GGA) | ygbN | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/98); new base G (42/0); total (88/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CCAATGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACAA > AP012306/2376464‑2376761 | ccAATGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTa < 1:2536249/150‑1 (MQ=255) cAATGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAt < 2:1660114/150‑1 (MQ=255) aaTGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt < 1:1901449/150‑1 (MQ=255) aTGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTTCTGGTGCTGGGGGGGGAttt > 1:4070677/1‑150 (MQ=255) aTGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:651323/150‑1 (MQ=255) ggTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTTGTTACTGGTGCTGGGGGGGGATTTgg > 1:4582833/1‑150 (MQ=255) ggTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTgg > 1:3643156/1‑150 (MQ=255) gTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGc > 1:3842443/1‑150 (MQ=255) tAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTTGGTACTGGGGGCGGGGGGGTGTTTTGct > 1:560053/1‑149 (MQ=255) gCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGGGATTTTGGTTACTGGTGCTGGGGGGGGAATTTGCaaa > 2:4208744/1‑150 (MQ=255) ctAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACTCCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTg < 2:1736712/150‑1 (MQ=255) ctAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGGGGGGTATTTGGCAAAGTg > 1:2395429/1‑150 (MQ=255) tAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTTGTTACTTGTGCTGGAGGGGGATTTGGCCAAGTGc > 1:2152727/1‑150 (MQ=255) aTGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCtg < 1:4133942/150‑1 (MQ=255) aTGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCtg < 2:648437/150‑1 (MQ=255) gATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGGGGGGGATTTGGCAAAGTGCtggt > 2:451226/1‑150 (MQ=255) aTTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCtggtg < 2:3742045/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGa < 2:2030777/150‑1 (MQ=255) 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cTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGAAGGGATTTTTGTTAATGGGGGTGGGGGGGGGTTTGGCAAAATGCTGGTGGAAT‑Cg > 2:236281/1‑150 (MQ=255) tGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGGAGTGATTTTGGTTACTGGGGCTGGGGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGGGGAAT‑Cgg > 2:757856/1‑150 (MQ=255) cTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTc < 2:360725/150‑1 (MQ=255) cTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGGGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTc > 2:3300806/1‑150 (MQ=255) tGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGGGATTTTGGTTACTGGTGCTGGGGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGTGGGAT‑CGGGCGTCg > 2:1381921/1‑150 (MQ=255) catgcgggTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCa < 2:2196015/144‑1 (MQ=255) aTTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGGGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCaa > 1:309945/1‑150 (MQ=255) aTTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGGGCTGGGGGGGGATTTGGCAAAGTGCTGGTGGGAT‑CGGGGGGCGGCaa > 2:142016/1‑150 (MQ=255) tCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAg < 1:1329470/150‑1 (MQ=255) tCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAg < 2:2806282/150‑1 (MQ=255) tGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGcc < 2:1493985/150‑1 (MQ=255) aTTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTTGTTAATTGGGCTTGGGGGGGATTTTGCAAAAGGCTGGGGGGAT‑CGGGCGGCGGCAAAGCCCCTGc > 2:3843825/1‑150 (MQ=255) gCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAAc < 1:3033878/150‑1 (MQ=255) cTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACa < 2:1101215/150‑1 (MQ=255) ttACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATg < 2:3513901/150‑1 (MQ=255) 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ttACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCaa > 1:3448583/1‑150 (MQ=255) cTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCg > 1:2616986/1‑150 (MQ=255) cTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCg > 1:2951658/1‑150 (MQ=255) tGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGGGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTAAAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGt < 2:2987420/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTa < 1:1729081/150‑1 (MQ=255) ggTGCGGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGCCCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTa < 2:2524060/150‑1 (MQ=255) tGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGc > 2:4249405/1‑150 (MQ=255) tGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGc > 1:1625135/1‑150 (MQ=255) tGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAAt > 2:3872820/1‑150 (MQ=255) tGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAAt > 2:571416/1‑150 (MQ=255) ggAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATa < 1:4185524/150‑1 (MQ=255) ggAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATa > 1:1016299/1‑150 (MQ=255) ggggggTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑GGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATAc < 2:2662889/148‑1 (MQ=255) aGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACt < 2:2838746/150‑1 (MQ=255) ggggTATTTGGAAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTAAAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTg < 2:2172266/150‑1 (MQ=255) gggTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGa > 2:2264952/1‑150 (MQ=255) tATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACaa > 1:1507217/1‑150 (MQ=255) | CCAATGGTAGCTCTAATGATTGCGCTGGTGCTGGCATTCTGGTTATTGGCTTTACGTCGCGGCTGGAGCTTACAACACACCAGCGACATTATGGGCTCAGCGCTTCCTACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAAGTGCTGGTGGAAT‑CGGGCGTCGGCAAAGCCCTTGCCAACATGCTACAAATGATTGACCTGCCTCTGTTACCAGCCGCATTTATTATTTCACTGGCGCTGCGTGCATCGCAGGGGTCAGCAACCGTAGCAATACTGACAA > AP012306/2376464‑2376761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |