Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 935,054 | 0 | G | T | 26.0% | 276.0 / 42.5 | 96 | intergenic (+24/‑1406) | putP/ycdO | proline:sodium symporter/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/58); new base T (25/0); total (38/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAAC > AP012306/934907‑935202 | cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttttt > 1:2475935/1‑150 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttgtt > 2:3705105/1‑150 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGtttttt > 2:661634/1‑150 (MQ=255) 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ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGttttttttttgttca > 2:501056/1‑143 (MQ=255) ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGtttttttgtgtttt > 2:364766/1‑144 (MQ=255) ggATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTTTTTTGCtttt > 2:3028410/1‑148 (MQ=255) gATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTcag > 1:3183172/1‑150 (MQ=255) gATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTccg > 1:3976566/1‑148 (MQ=255) 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ttAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTCTGCAGC‑GGGGTgt > 2:1124992/1‑149 (MQ=255) ttAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTTGCTTTCGCAGC‑GGGGTgc > 1:865180/1‑150 (MQ=255) tAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTGTTTGGCTTTCGCAGC‑GGGGTgcg > 1:2890894/1‑150 (MQ=255) aGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTCAGCAGC‑GGGGTgcgg > 1:2064220/1‑149 (MQ=255) aGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCCTCAGCAGC‑GGGGTgcgc > 1:3183340/1‑150 (MQ=255) 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ttGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGc < 1:3935446/150‑1 (MQ=255) tGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGcc < 2:1882983/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCg < 1:2410550/150‑1 (MQ=255) aGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTCCGCAAC‑CGGGTTCGGCCCCCTAAAGTAGCTCTGCCTATAAAATTTATGGTGGCGGGGGGGCGCTGGGGGGGGCCCATCCCCCCCCCCCCCCTCCGGTCCCGCCCTCCgggg > 2:681066/1‑150 (MQ=255) aGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGa < 2:1112771/150‑1 (MQ=255) tAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAGATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACg < 2:3322418/150‑1 (MQ=255) gACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCa < 2:926971/150‑1 (MQ=255) gACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCa < 2:2722793/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGAtt < 1:1347690/150‑1 (MQ=255) cggc‑ggTTTTTTTTTGCTTCAACAGC‑GGGGTGCGCTCCCTTAATTTGCCTCGCCCTATAAATTTAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGGGGGCAAT‑CGCCCCCCCCCCCCGCTGTCCCCGCCCTTGGGGGACGCTTTAACGGTTTTTAc > 2:3844743/1‑150 (MQ=255) ggc‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACg < 1:1619785/150‑1 (MQ=255) gc‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGc > 2:3926952/1‑150 (MQ=255) gc‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGAAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGc > 2:628808/1‑150 (MQ=255) c‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcc < 2:1510913/150‑1 (MQ=255) gTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccac < 1:1030584/150‑1 (MQ=255) ttttGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacc > 2:803694/1‑150 (MQ=255) tgtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAac > 1:3656216/1‑150 (MQ=255) | CAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAAT‑CGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAAC > AP012306/934907‑935202 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |