Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 935,054 | 0 | G | T | 30.4% | 217.8 / 52.0 | 92 | intergenic (+24/‑1406) | putP/ycdO | proline:sodium symporter/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/47); new base T (28/0); total (45/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934907‑935203 | cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttttt > 1:3836147/1‑150 (MQ=255) cAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTtttgtt > 1:2399374/1‑150 (MQ=255) gTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGttttttttt > 1:238572/1‑149 (MQ=255) 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gTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGGTTTGTTTTGGTTTCGCAGC‑gggggttgct > 2:1935436/1‑143 (MQ=255) ttGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTTTTTTGCTTCCGCAGC‑GGGGTGCG‑C‑Tcc > 1:1198803/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑Tcc < 1:1405432/150‑1 (MQ=255) cTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCtt < 1:3531968/150‑1 (MQ=255) cTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCtt < 2:183152/150‑1 (MQ=255) 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ggc‑ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACg < 1:3650370/150‑1 (MQ=255) ggTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGcca > 2:1486033/1‑150 (MQ=255) gTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccac < 2:510840/150‑1 (MQ=255) ttttGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacc > 2:1328399/1‑150 (MQ=255) ttttGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacc > 1:1099100/1‑150 (MQ=255) tttgtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGccacca > 2:1068361/1‑150 (MQ=255) ttgtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCaa < 2:2435177/150‑1 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca < 1:2643789/150‑1 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca > 1:3924936/1‑150 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca > 1:1632678/1‑150 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca < 2:3005345/150‑1 (MQ=255) gtttgGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAaca > 1:2757943/1‑150 (MQ=255) | CAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGC‑GGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGC‑GGGTTGCG‑C‑TCCCTTAATGTGCCTCGCCATA‑T‑AAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCG‑CAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACA > AP012306/934907‑935203 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |