Read alignment evidence... | |||||||||||
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Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAACACGTT > AP012306/2714407‑2714703 | gTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGttt > 1:1610038/1‑150 (MQ=255) gTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGgtt > 1:1785259/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTtc < 2:3150326/150‑1 (MQ=255) aTTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTtc > 1:21820/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTtc < 2:1348857/150‑1 (MQ=255) gCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCa < 1:1153416/150‑1 (MQ=255) aGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAAGGGGTTTCTCAAc > 1:3067650/1‑150 (MQ=255) aCTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGTAGGGGTTTTCTCAACttt > 1:1387716/1‑150 (MQ=255) 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ttGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCg > 1:2873709/1‑150 (MQ=255) gTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGGTC‑AATTTCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAACAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCCCCTATCGACCCCGcc > 2:89499/1‑150 (MQ=255) gTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGcc < 1:1840685/150‑1 (MQ=255) gTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAAGGGGTTTCTCGACTTTAAACCGACC‑CCTTCCCCCTTTGTAAATCCGCCAGAAACGGATAATTTTAATGCCATTCATAAACAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGAccccacg > 2:3691090/1‑147 (MQ=255) tttAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGccc > 1:4416620/1‑150 (MQ=255) ttAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGGTTTCTCAACTTTAAACCGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCa > 2:2920418/1‑150 (MQ=255) aaCCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGTGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGa > 1:3781422/1‑150 (MQ=255) aaCCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGa > 1:1009887/1‑150 (MQ=255) aCCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGaa < 2:2279371/150‑1 (MQ=255) ttCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAAGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAAAAGTtgtg > 1:2439051/1‑150 (MQ=255) ttCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATCCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTtgtg < 2:3197677/150‑1 (MQ=255) cGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGaa > 1:3445922/1‑150 (MQ=255) gTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAAt > 1:236328/1‑150 (MQ=255) gTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAAt < 1:3506805/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCCCCCAGAAGTTGTGAATCAcc > 2:4117819/1‑150 (MQ=255) 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ggggTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAacac > 1:3981688/1‑150 (MQ=255) ggTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAACACGt > 2:626385/1‑150 (MQ=255) | CGTATTGCAGGACTCTTGCGAAACCGCGCTGAACTCTTCAACTGACGTGCTGTTCACTGCGGCAGCTTGCCAGGCAGAAGACGATCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGTTTAACCCCTTTCGTCTACGGCGGAAGGGGTTTTCTCAACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGAATGATATTCAGGCCATTCATAAGCAGAAAACTACCCTCAATCATCGTGCCGCCTATCGACCCCGCCCAGAAGTTGTGAATCACCCAGCAACACGTT > AP012306/2714407‑2714703 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |