Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 3,182,506 | 0 | A | C | 21.0% | 244.8 / 10.8 | 100 | D80A (GAC→GCC) | yiaN | predicted transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/35); new base C (0/21); total (44/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GT‑GCTGGCGGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGAT‑GAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCC > AP012306/3182357‑3182654 | gTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GT‑GCTGGCGGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGa < 1:1246271/150‑1 (MQ=255) gTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GT‑GCTGGCGGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGa < 1:702849/150‑1 (MQ=255) tAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GT‑GCTGGCGGGGGAAAACATGAATGC‑GGGGGGCGTGTCAAAACGCATTGTTGGcc > 2:1119726/1‑150 (MQ=255) 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ggACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GT‑GCTGGCGGGGGGAATCATTAATGC‑GGGGGGCTTTTTCAAACGCATTGTTGACCCGCCGCT‑Gaaaaa > 2:3678276/1‑148 (MQ=255) ggACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GT‑GCTGGCGGGGGGAATCATGAAAGC‑GGGCGGGGTGTCAAAACCCCTTGTTTACCTTCCGAT‑GAAACt > 1:1652224/1‑150 (MQ=255) gACATGTTTGATGTCGAGATCAGGGCAAAAACGTTGGTGAACGGAGCCGAAAGCTTCTCCCTGTTGGGGATTCCTTTGTTT‑GG‑GCTGGGGGTGGAAATAAGGAATGC‑GGGCGGCTTAAAAAAGCGATTTTTTGACCTGCCGAT‑GAAACtg < 2:262706/150‑1 (MQ=255) gACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAACCGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTT‑GT‑GCTGGCGGGTGAAATCATGAATGC‑GGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGAT‑GAAACtg < 1:885969/150‑1 (MQ=255) atttttGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAAGGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGTTTCCGTTTTTT‑GT‑GCTGGCGGGTGAAATCATGAATGG‑GGGGGGCTTGTAAAAACGCATTGTTGACCTGCCGAT‑GAAACtggtg < 2:2939062/147‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |