Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 3,182,861 | 0 | A | C | 22.6% | 388.0 / 10.9 | 146 | L198F (TTA→TTC) | yiaN | predicted transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/17); new base C (0/33); total (96/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-20 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TTATTCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTATGC > AP012306/3182713‑3183010 | ttCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCCGGCATGATGATGGGGGCAACGCTGATGCTTACCTTGT‑GGTGGGCGGCCAGGCG‑CC‑CTTATTTA‑tccc > 1:3407047/1‑150 (MQ=255) tCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCg < 2:1057276/150‑1 (MQ=255) tCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCg < 1:4272505/150‑1 (MQ=255) cccccTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGc < 1:1717275/150‑1 (MQ=255) cccccTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGc < 2:2293/150‑1 (MQ=255) cccccTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGc < 1:3611974/150‑1 (MQ=255) cccTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGGGTTGCCCCCCGCGTGATGATTGGGGCGACGCTGATGCTTTTCTTGT‑GGGGGGGGGGCAGTCC‑CCTTTATTTTA‑Ccccccc > 2:932688/1‑150 (MQ=255) cATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTTTCCCTGGCATGGTGATGGGGGCGACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGGGGGCCCGTCGCCC‑TTATTTTA‑CCCC‑CCCGCaaaa > 2:1368485/1‑150 (MQ=255) ttCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGGGTTTTCCCCTGGC‑TGATTGTTGGGGCAACCCTGGTGCTTACCTGGT‑GGTGGGGGGCCGGTGG‑CC‑TTTATTTA‑TCCCCCCCGCcaaaaa > 2:109781/1‑149 (MQ=255) tCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCGGGCCAGTCG‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGc < 1:809404/150‑1 (MQ=255) ttattaTCTTGGGCGTTCCCAGGGGATTACCCATCAGTAAGCTTTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGAGGGGCGCACCGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGa < 2:783304/150‑1 (MQ=255) tattatCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGGCGTTCCCCCCGG‑GTGGTGATGGGGGCAACGCTGATGCTTTCCTGGT‑GGGGGGGGGGCCGTCG‑GC‑TTTATTTT‑TCCCGCCCGCAAAAAACAACGAt > 2:876670/1‑150 (MQ=255) attatCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGGCCTTCCCCTTGCCTGCTGATGGGTGGCACGCGCGTGCTTCTCCTGT‑GGGGGCTGGGCCGTCG‑GC‑CTAATTTA‑CACCCCCCCCAAAAAGAAACGaag > 2:2897188/1‑148 (MQ=255) attacCTTGGGCGTTCCCAGCGGATTATCCACCAGTAAGCTGTTTAGGGG‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCACCGCTGATGCTTACCTGGG‑GGGGGCAGGCCAGTCG‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATg < 2:1621472/150‑1 (MQ=255) tatCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTTCCCCCGGCATGATGATTGGCGCAACGCTTTTTCTTTCCTGGG‑GGGGGCCGGCCCGGCG‑GC‑TTAATTTT‑CCCCCCCAGCAAAAAACCACGATGCa > 2:313511/1‑150 (MQ=255) atCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAg < 1:432622/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTTCCCGCGGATTCTCCATCATTAAGCTGTTTAGGGC‑GGGCATCGCCCCTGGTATGATGATGGGCGCACCGGTGATTTTTACCTGGT‑GGTGGAAGGCAAGCCG‑CC‑TTATTTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAAt < 2:3368169/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCGTTTTCCCCGGCGTGATGATGGGCGGCACGCTTTTGCTTTCCAGGA‑GGCGGCCGGCCCGCCG‑CC‑TCACTTTA‑CCCCCCCAGCCAAAAGCAACGATTAAGGaaaa > 2:1824195/1‑149 (MQ=255) ggCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATc < 1:3790511/150‑1 (MQ=255) gCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCCGGGATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCCGCAAAAAGCAACGATGCAGGGAATCt > 2:2546583/1‑150 (MQ=255) cGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCGTTGCCCCTGGCATGCTTCTGGGCGGCAAGCAGCAGTTTTACCGGG‑GGGGGCAGGGCACTCG‑CC‑TTAAATTT‑CCCCCCCCCCACCAAACAACCCTGCAGGgaaaatt > 2:2383598/1‑146 (MQ=255) cGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGGCCCCGGCATGATGATGGGGGCAACGCTGATGCTTACCTGGG‑GGGGGCGGGGCAGTCG‑CC‑GTTATTTA‑TCCCCCCCCCAAAAAAGAACCAAGCAAGAAAACtt > 2:396251/1‑149 (MQ=255) gTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCGTTGCCCCCGGCCTGATGATGGGGGCCACGCTGATGCTTACCTGGG‑GGGGGGAGGGCCGGCG‑CC‑CTAATTTT‑ACCCCCCCGCAAAAAAAAAACAAGCAGGAAAACTgg > 2:1684592/1‑150 (MQ=255) gTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCAATGCCCCCGGCATGAAGAAGGGGGCAAAGCCGATGCTTACCCGGT‑GGGGGGGGGGCAGGCG‑CC‑CTAATTTT‑ACCCCCCCGCAAAAAACAACGGAGCAGGGAAACttg > 2:963062/1‑148 (MQ=255) tttCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTTCCCCCCGGATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTTTCTGGG‑GGGGGGAGGCCAGGCG‑CC‑CTAATTTA‑CCCCCCCCGCAAAAAACAACGATGCAGGGAATCTTGc > 2:1236152/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTCCCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCC‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCa < 1:3758252/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCCGGCCTGATGATGGGGGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGGGGGAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAACAACGATGCAGGAAATATGGCAc > 2:4126352/1‑150 (MQ=255) gCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGGATTGCCCCCGGCATGATGATGGGGGCAACGCTGATGGTTTCCTGGT‑GGGGGGAGGCCCGGGG‑CC‑TTAATTTT‑ACCCCCCCGCCAAAAACAAAGAAGCCGGAAATCTGGCACT‑Ctt > 2:3884781/1‑150 (MQ=255) ggATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCGGGCATGATGATGGGCGCACCGCTGATCCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑Ctttt < 2:4168255/150‑1 (MQ=255) ggATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCCCGCATGATTATGGGGGCCACGCTGATGCCTTCCTGGT‑GGTGGGCGGCCCGTCGCCC‑TCAATTAA‑CCCCCCCA‑CAAAAAACAACCAAGCAGGAAATCTGGTACC‑Ccttt > 2:720514/1‑150 (MQ=255) aTTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGt < 1:3845605/150‑1 (MQ=255) aTTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGt < 1:1481636/150‑1 (MQ=255) ttATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGGATTTCCCCCGGGATTATGATTGGGGGAACGCTGATGCTTAACTTGG‑GGGGGGAGGCCAATCG‑CC‑CTTATTTT‑CCCCCCCCGCAAAAAACAAAGATGCAGGAAAACTGGCACT‑Cttttttt > 2:624459/1‑147 (MQ=255) ttATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCCATGCCCCCGGCCTCGTGATGGGGGCGACCCATCTGCCTACCTTGT‑GGGGGCGGGGCAGGGG‑CC‑CTATTTTA‑CCCCCCCAGCCAAAAACAACAAAGGAGGAAATCTGGCACA‑CTTTTGtc > 2:2996634/1‑150 (MQ=255) tATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTTCCCCCCGCCTGATGATGGGGGCGACGCTGATGCTTTCCTTGT‑GGGGGCAGGGCCGTCC‑CC‑TTTATTTT‑CCCCCCCCGCAAAAAACAACGAAGCAGGGAATCTGGCACT‑CTTTTTtct > 2:2625283/1‑150 (MQ=255) aTCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGGATTTCCCCCGGCCTGTTGATGGGGGCAACGCTGATGCTTTCCTTGG‑GGGGGGGGGGCCGGCG‑CC‑TTTATTTA‑CCCCCCCCGCAAAAAAGAAAGAAGGAGGGAATCTGGGACT‑CTTTTTtctc > 2:2786767/1‑150 (MQ=255) aTCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCACTTCCCCCCGCGTGGTGATGGGCGCGACCCCGATGGTTTTCTTGTGGGGGGCGGGCCGCCGG‑CC‑TTATTTTA‑CCCCCCCCCCAAAAA‑AAAAGAAGCAGGAAAACTGGGCAT‑Cttttttttt > 2:132191/1‑145 (MQ=255) ccATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCg < 2:2690134/150‑1 (MQ=255) tAAGCTGTTTAGGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGTTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTGTCTg < 1:611870/150‑1 (MQ=255) aaGCTGTTTATGGC‑GGGCATTACCCCCCGCCTGATGGTGGGGGCAACGCTGGTGTTTTCCTGGG‑GGTGGGAGGCCAGTCGCCC‑TTATTTTA‑CCCC‑CCCGCAAAAAACAACGAAGCAGGGAAACTGGGGCTCCTTTTTTTTCCggatcttg > 2:3249353/1‑144 (MQ=255) gTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCCGGCCTGGGGGTGGGGGGAACGCTGGTGGTTTCCCGGG‑GGGGGGAGGGCCGGCG‑CC‑CTAATTTT‑ACCCCCCCGCAAAAAACAAAGAAGCAGGGAAACCGGGACC‑CTTTTTTCTTCCGGATCTTGgggcc > 2:1526734/1‑149 (MQ=255) gTTTATGGC‑GGGCATGGCCCGTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCt < 1:954300/150‑1 (MQ=255) ggC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTttct > 1:4091839/1‑150 (MQ=255) 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ggCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCa > 2:3944862/1‑150 (MQ=255) ggCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCa > 1:2816965/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtc > 2:633353/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtc > 2:1488355/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtc > 1:1031281/1‑150 (MQ=255) ccccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtcatca > 1:1066387/1‑150 (MQ=255) ccccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtcatca > 1:1436301/1‑150 (MQ=255) ccccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtcatca < 1:199526/150‑1 (MQ=255) ccccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtcatca > 1:2139984/1‑150 (MQ=255) cccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTcatcat < 1:159286/150‑1 (MQ=255) cccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTcatcat > 2:2456651/1‑150 (MQ=255) cccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTcatcat > 2:2580746/1‑150 (MQ=255) ccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCatt > 1:3990281/1‑150 (MQ=255) tGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCattat > 2:3047848/1‑150 (MQ=255) ggCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCattatt > 2:126658/1‑150 (MQ=255) gCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTg > 1:4179680/1‑150 (MQ=255) tgatgatgGGCGCACCGCTGATGCTTCCCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CT‑TTATTTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCg < 2:958054/150‑1 (MQ=255) gatgatgGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCgg < 1:1951278/150‑1 (MQ=255) atgatgGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCggg > 1:3545636/1‑150 (MQ=255) atgaggGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGCCCAGTCG‑CT‑TTATTTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCggg < 2:3077983/150‑1 (MQ=255) atgGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGgtt > 2:3538873/1‑150 (MQ=255) cAACGCTGATGCTTCCCTGGT‑GGTGGCAGCCCAGTCG‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCTGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCg < 2:438137/150‑1 (MQ=255) cAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑GCTCCg > 1:174856/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTcccc > 1:234581/1‑148 (MQ=255) aaCGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑TCTcccg > 1:3963422/1‑148 (MQ=255) aaCGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑GCTcctg > 2:3607895/1‑148 (MQ=255) aaCGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑GCTcccg > 1:2757711/1‑148 (MQ=255) gCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑TCTCCGGCCt > 2:1810784/1‑150 (MQ=255) gATGCTTACCTGGT‑GGGGGCAGGCCAGTCG‑CT‑TTATTTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑tt < 2:4264162/150‑1 (MQ=255) aCCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑GCTCCGGCCTG‑ttttctccc > 2:1950709/1‑144 (MQ=255) ccTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTATTTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTa < 2:3908188/150‑1 (MQ=255) cgggt‑ggtggCAGGCCAGTCG‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑c < 1:457629/148‑1 (MQ=255) cTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑GCTCCGGGCTG‑TTTATCCCCA‑c > 1:4057072/1‑150 (MQ=255) cTGGT‑GGGGGAGGCCCGGTCG‑CC‑TTAATTGA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑c < 1:3431092/150‑1 (MQ=255) ggt‑ggtggCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑TCTCCCGCCTC‑TTTTTCCCCA‑CCg > 2:3752875/1‑150 (MQ=255) t‑ggtggCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTTCCCCTA‑CCGaa > 1:3907035/1‑150 (MQ=255) ggCGGGCCAGCCC‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑TTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCACTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCg < 2:3407189/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTC‑GCTCCCGCCCG‑GTTTACCCTA‑CCCAAGccc > 1:410325/1‑149 (MQ=255) gCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTT‑TCTCCCGGCTGTTTTTCCCCCC‑CCCAACCCGGGGc > 2:3676186/1‑150 (MQ=255) ccAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTC‑GCTCCCGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCCAAGCCCGGGCCg > 1:2385092/1‑150 (MQ=255) aGTCG‑CT‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGtt < 1:2956490/150‑1 (MQ=255) gTCG‑CC‑TTAATTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGTtg < 1:670827/150‑1 (MQ=255) gTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTT‑GCTCCGGCCCG‑TTTATCCCTA‑CCCCAGCCCGGGGCGTtg > 1:2580261/1‑150 (MQ=255) tCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑GCTCCGGCCTG‑TTTTTCCCTACCCGAGCCCGGGGCGGttc > 1:2242970/1‑149 (MQ=255) tCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTC‑GCTCCCGCCCG‑CTTTCCCCCA‑CCCCAGCCCGGGCCgccgc > 2:464003/1‑146 (MQ=255) c‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTT‑GCTCCGGCCCG‑TTTTTCCCCC‑CCCCAACCCGGGCCGTTgcttct > 2:3977009/1‑150 (MQ=255) ttAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTCTGTTCCGCCCCT‑TTTCCCCCCC‑CCAAACCCCGGG‑CGGTGCTGCtt > 2:2219128/1‑150 (MQ=255) aTTTC‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCt < 1:1318627/150‑1 (MQ=255) aTTTACCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTc < 2:4209436/150‑1 (MQ=255) tttA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTa < 1:1637932/150‑1 (MQ=255) tttA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTa < 1:1137524/150‑1 (MQ=255) a‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGATTT‑TCTCCCGCCCG‑TTTTCCCCCC‑CCCCAGCCGCGGCCGGGGCTGCttttctttg > 2:2060257/1‑144 (MQ=255) | TTATTCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGC‑GGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGATGCTTACCTGGT‑GGTGGCAGGCCAGTCG‑CC‑TTAATTTA‑CCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACT‑CTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTC‑GCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTA‑CCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTATGC > AP012306/3182713‑3183010 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |