| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AP012306 | 1,486,241 | G→A | intergenic (‑2088/‑492) | thrS ← / → yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 1,486,241 | 0 | G | A | 99.5% | 1528.7 / NA | 392 | intergenic (‑2088/‑492) | thrS/yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (198/191); total (198/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
CAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCA > AP012306/1486095‑1486387 | aaTAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCtt > 2:161311/1‑150 (MQ=255) aaTAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCtt < 1:1474066/150‑1 (MQ=255) tAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTa < 1:737799/150‑1 (MQ=255) 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acacGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCt > 2:2196297/1‑150 (MQ=255) acacGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCt > 1:3040463/1‑150 (MQ=255) acacGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCt > 2:182802/1‑150 (MQ=255) cacGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCtt > 1:2469503/1‑150 (MQ=255) acGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTta < 1:3324459/150‑1 (MQ=255) acGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTta < 1:1522039/150‑1 (MQ=255) gTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTtatat > 1:1847219/1‑150 (MQ=255) ctctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCg < 2:525505/150‑1 (MQ=255) ctctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCg > 2:3730162/1‑150 (MQ=255) tctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGa > 1:3864388/1‑150 (MQ=255) aaTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTggg > 2:3139071/1‑150 (MQ=255) aaTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTggg > 1:2698649/1‑150 (MQ=255) aTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGt > 1:1371868/1‑150 (MQ=255) ttAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTg < 1:3079755/150‑1 (MQ=255) tAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGc < 2:3568680/150‑1 (MQ=255) tAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGc > 2:629246/1‑150 (MQ=255) aaTGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCt > 2:1583553/1‑150 (MQ=255) aTGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCtt > 1:2129063/1‑150 (MQ=255) tGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCttt < 1:1771824/150‑1 (MQ=255) ggCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCtttt > 2:1715002/1‑150 (MQ=255) cATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGc > 2:3013411/1‑150 (MQ=255) aTCACCTTTAAATACAAGTTGAGTAAAGCTAACATAATGGATTTATTAAATGGAGCTACAGCACAGGGCCCCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCa > 2:3973563/1‑150 (MQ=255) | CAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCA > AP012306/1486095‑1486387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |