New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AP012306 | 644102 = | 389 (1.290) | 25 (0.080) +G |
13/296 | 19.5 | 6.7% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
? | AP012306 | = 2073541 | 309 (1.030) | intergenic (+1/‑46) | valX/valY | tRNA‑Val/tRNA‑Val | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644250‑644102 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTAC < AP012306/2073541‑2073445 ||| TTCGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑G > 2:96978/1‑150 CGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCCACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGa > 2:2875961/1‑149 CTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGAGGGGGGTGA > 2:3996925/1‑150 TCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGAGGGGGGTTATG > 2:2117858/1‑150 GCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGAGGGGGGTGATCAGGGGgacgt > 2:2509061/1‑145 CGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACC > 2:541443/1‑150 cCCAGCATCCACTTTAAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATAAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCG‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTG < 2:2674709/149‑1 gattttaAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACAAATTGATAAAAAGTCAACTGCTCTCCCACCTGAGCTAACGCCCG‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAG < 2:680589/143‑1 attttaAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGC < 2:1799459/144‑1 gttaAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTG < 2:3278449/146‑1 aAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACGGAGCTAACGACCCG‑GGTGGTGGGTGATGCCGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAG < 2:10483/149‑1 aAAATGGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATAAAAAGTCACCTGCTCTCCCACCTGAGCTAACGCCCG‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC < 2:3627616/149‑1 AATGGGGGGGTCGTGCAGGATTCGACCCGGCGCCAAATTGATAAAAAGTCAACGGCTCTCCCACCGGAGCTACCGCCCG‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTA < 2:2165407/150‑1 ATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 1:3661512/150‑1 tgGGTGGGTCGTGCAGGATTCAAACTGGCGACCAATTGATAAAAAGTCAACTCCTCTCCCACCTGAGCTACCGCCCC‑‑GGTGGTGGGTGACGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:245971/148‑1 cgGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCGGCGACAAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGCCCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:2129093/148‑1 TTGGGGGGTCGGGCGGGATTCGAACCTGCGCCAAATTGATTAAAAGTCAACGGCTCTACCAACGGAGCTAACGCCCG‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:2908219/150‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACAAATTGATAAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACTGAGCAAACGCCCG‑‑GGTGGGGGGTGATGAGGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 2:1918910/150‑1 gggGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACAAATTGATAAAAAGTAAACTGCCCTCCCAACTGAGCAAACGCCCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 2:1165714/147‑1 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA > 1:3063758/1‑150 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA > 1:1849690/1‑150 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA > 1:422988/1‑150 TGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC < 2:3250884/150‑1 GGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:2286082/1‑150 aCGACCAATTGATGAAAAGTCAACTTTTCAACAAACAGAGCTAAGGCCCCAAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTAC < 2:3181280/149‑1 GTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑GGTG < 2:3824805/36‑1 ||| TTCGTCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644250‑644102 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCTCAATTTCTTGCTAC < AP012306/2073541‑2073445 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |