| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AP012306 | 3,230,291 | (T)6→7 | intergenic (‑112/+961) | rfaY ← / ← rfaI | lipopolysaccharide core biosynthesis protein/UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑ alpha‑1,3‑D‑galactosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP012306 | 3,230,285 | 1 | . | T | 97.7% | 2359.5 / 36.7 | 605 | intergenic (‑106/+967) | rfaY/rfaI | lipopolysaccharide core biosynthesis protein/UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑ alpha‑1,3‑D‑galactosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/7); new base T (315/276); total (322/283) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 663 total aligned reads displayed.
TCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAG > AP012306/3230136‑3230429 | cGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑t < 1:2491596/150‑1 (MQ=255) ggTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑tt > 1:2882597/1‑150 (MQ=255) gTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑ttt < 1:3678283/150‑1 (MQ=255) 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tataTCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATaa < 2:4076149/150‑1 (MQ=255) tataTCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATaa > 2:2367645/1‑150 (MQ=255) | TCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCCCATTTGTGCCACGGTTTAGTTGCACCTGTATAATGAATAAG > AP012306/3230136‑3230429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |