Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 341,377 | 0 | T | G | 31.2% | 218.9 / 27.0 | 125 | G60G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidin e deaminase and 5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino) uracil reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/66); new base G (39/0); total (59/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-18 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCG‑ACCGCCT‑ATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCG > AP012306/341228‑341526 | cTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGt > 1:1619795/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGaa > 1:1475323/1‑150 (MQ=255) ggCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGGGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGgaaaaaa > 2:1636199/1‑148 (MQ=255) 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cgcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGAAAAAACCa > 1:3283969/1‑150 (MQ=255) gcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGGGgaaaaaacaa > 2:508193/1‑145 (MQ=255) aaCGAGGACGTTTTACCCCGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTTCCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAg < 2:4064505/150‑1 (MQ=255) aaCGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAg < 1:2939409/150‑1 (MQ=255) aaCGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAg < 1:1017026/150‑1 (MQ=255) 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gcgTTGCGTATGGG‑GGGTGAAAAAGCAAAGGGTGCG‑ACCGCCT‑ATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAAc < 1:2250770/150‑1 (MQ=255) cgTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAGGCAAAAGGGCG‑GCCCCCC‑ATGTCACACTCGGACCCTCTAGCCCTCATGGTCCGACGCCCCCGGGCTGTGGCGCACTCATCGCCGCCGGCGCAACGCGCGTGGGTGCCTCCCTGCAAAAACCTAAcc > 2:3884875/1‑150 (MQ=255) gTTGCGTATGGC‑GGGTGAAAAAACCAAAAGTGCG‑ACCGCCT‑ATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAAccc > 1:3664421/1‑150 (MQ=255) cGTATGGC‑GGGTGAAAAAGCCAAAGGTGCG‑ACCGCCT‑ATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAg < 1:2601759/150‑1 (MQ=255) cGTATGGC‑GGGTGAAAAAACCAAAAGGGCG‑ACCGCCT‑ATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGGAGCGCGCGTGGTTGCATCGATGCAAGATCCTAACCCCCAg > 2:4203860/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |